آنالیز مقایسه‌ای خصوصیات ژنوم گیاهان پست و عالی

نویسندگان

1 استادیار، گروه علوم و مهندسی جنگل، دانشکدۀ کشاورزی و منابع طبیعی اهر، دانشگاه تبریز، اهر، ایران

doi
10.22034/jpr.2024.8310.3312
چکیده

بررسی منابع نشان می‌دهد مطالعات جامعی به‌منظور مقایسه ژنومی بین گیاهان پست و عالی انجام نشده است به‌خصوص با توجه به‌این که اطلاعات ژنومی آن‌ها به‌روزرسانی می‌شود. از این‌رو، در این پژوهش، ژنوم خزه (Physcomitrium patens) به‌عنوان گیاه پست با ژنوم صنوبر (Populus trichocarpa) به‌عنوان گیاه عالی مورد مقایسه قرار گرفت. در این پژوهش، اندازه ژنوم، تعداد کروموزوم، محتوای کلی سیتوزین-گوانین (GC)، تعداد کل ژن‌ها، ژن‌های رمزکننده پروتئین، RNAs کوچک، ژن‌های کاذب، عناصر متحرک و ریزماهواره‌های ژنوم دو گونه مورد پژوهش استخراج شد. نتایج نشان داد اندازه ژنوم خزه بزرگتر و دارای 23747 ژن که در میان این ژن‌ها، 20454 ژن رمزکننده پروتئین وجود داشت. اندازه ژنوم صنوبر کوچکتر و دارای 34621 ژن که در میان این ژن‌ها، 29617 ژن رمزکننده پروتئین وجود داشت. تعداد RNAs کوچک برای ژنوم خزه و صنوبر به‌ترتیب 863 و 1347 بود. تعداد ژن‌های کاذب در ژنوم صنوبر 9/2 برابر ژنوم خزه بود. برخی از ژن‌ها فقط در خزه یافت شدند. عناصر متحرک Gypsy در خزه و صنوبر به‌ترتیب 9/47 و 93/14 درصد از کل ژنوم را به خود اختصاص داده‌اند. در مجموع، عناصر متحرک در ژنوم خزه 6/1 برابر ژنوم صنوبر بود. تعداد و ترکم ریزماهواره در ژنوم خزه به‌ترتیب 6/1 و 5/1 برابر گیاه عالی صنوبر بود. فرآیند تکامل در گیاهان احتمالا سبب کاهش تعداد و تراکم ژن‌های غیرکارکردی (عناصر متحرک و ریزماهواره‌ها) و افزایش تعداد ژن‌های کارکردی شده است. اﻃﻼﻋـﺎت مفید ﺣﺎﺻـﻞ از این قبیل مطالعات ژنومیکس مقایسه‌ای میﺗﻮاﻧـﺪ راه را برای اجرای طرح‌های کاربردی هموارتر نماید.

کلیدواژه‌ها