ارزیابی بیوانفورماتیک نقش MicroRNAها در تنظیم بیان ژن‌های دخیل در سیستم ایمنی ماهی گورخری ( Danio rerio)

نویسندگان

1 گروه شیلات، دانشکده منابع طبیعی، دانشگاه صنعتی خاتم‌الانبیا بهبهان، بهبهان، ایران

2 گروه محیط‌زیست، دانشکده منابع طبیعی، دانشگاه صنعتی خاتم‌الانبیا بهبهان، بهبهان، ایران.

doi
چکیده

این مطالعه به بررسی نقش microRNAها در تنظیم بیان ژن‌های دخیل در سیستم ایمنی ماهی گورخری از طریق تحلیل بیوانفورماتیکی پرداخته است. بدین‌منظور، پروفایل­های ژنی مرتبط با سیستم ایمنی ماهیان استخوانی از پایگاه داده NCBI استخراج و microRNAهای هدف ­گیرنده این ژن‌ها با استفاده از ابزار Target Scan و miRmap شناسایی شدند. نتایج نشان داد که ژن‌هایی نظیر tlr3، nlrx1، saa،cxcl12a ، C3، mhc1ze و  mhc2dabنقش مهمی در پاسخ‌های ایمنی، التهاب و استرس اکسیداتیو ایفا می­کنند. از میان آنها، microRNAهای dre-miR-30e-3p و dre-miR-723-5p با امتیازهای بالاتر از 80 به‌طور مؤثری ژن tlr3 را که در تشخیص RNA دو رشته‌ای و فعال‌سازی پاسخ‌های ایمنی ذاتی نقش دارند، تنظیم می­ کنند. همچنین، dre-miR-155 و dre-miR-2194 و dre-miR-2185-5p به‌عنوان تنظیم‌کننده‌های اصلی در تنظیم ژن nlrx1، که نقش مهمی در مسیرهای ایمنی و استرس اکسیداتیو دارد، شناخته شدند. بیان ژنsaa ، دخیل در پاسخ‌های التهابی و تنظیم ایمنی، به‌وسیلة dre-miR-135c،dre-miR-135b  و dre-miR-135a تنظیم می ­شود. همچنین، ژن cxcl12a که کموکین SDF-1 را رمزگذاری می‌کند و در مهاجرت سلول‌های ایمنی نقش دارد، توسط dre-miR-740، dre-miR-22b و dre-miR-22a تنظیم می‌شود. از سوی دیگر، ژن‌های سیستم مکمل مانند C3 تحت تأثیر dre-miR-93 و dre-miR-128 قرار دارند. ژن‌های mhc1ze وmhc2dab، microRNAهایی نظیر dre-miR-101a، dre-miR-3906 و dre-miR-740 به‌عنوان تنظیم‌کننده‌های قوی شناسایی شدند. این نتایج، همراه با تحلیل‌های دقیق‌تری که از ترکیب داده‌های بیوانفورماتیک حاصل شده است، به شناسایی و درک نقشmicroRNAها در تنظیم سیستم ایمنی ماهی گورخری کمک کرده و به‌عنوان مبنای مطالعات تجربی آینده در این حوزه قرار می‌گیرند.