بررسی ردپای انتخاب و هستیشناسی ژن در برخی نژادهای گوسفند اهلی و وحشی ایران
نویسندگان
1 گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران
2 گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران.
3 دانشگاه علوم پزشکی هاروارد، دپارتمان پزشکی ، شهر بوستون، ایالت ماساچوست، آمریکا
4 گروه علوم دامی دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران.
doi
10.22067/ijasr.2023.79931.1112چکیده
در طی سالیان طولانی، حیوانات در ﻣﻌﺮض ﻋﻮاﻣﻞ ﻣﺨﺘﻠﻔﯽ ﻣﺎﻧﻨﺪ اﻧﺘﺨﺎب ﻃﺒﯿﻌﯽ، راﻧﺶ ژﻧﺘﯿﮑﯽ و ﺟﻬﺶهای متعدد ﻗﺮار گرفتهاند، بنابراین چنین ﻋﻮاﻣلی ﺳﺒﺐ ﺗﻐﯿﯿﺮات در ﺑﯿﻦ و داﺧﻞ ﮔﻮﻧﻪها شده است. از سویی دیگر امروزه ﻧﯿﺎز ﺑﻪ اﻓﺰاﯾﺶ ﺗﻮﻟﯿﺪ سبب کاهش تنوع ژنتیکی گونهها بوده که ﻧﮕﺮاﻧﯽﻫﺎی ﺷﺪﯾﺪی را ﺑﺮای ﺳﯿﺴﺘﻢ ﺗﻮﻟﯿﺪی ﺣﯿﻮاﻧﺎت در ﺳﺮاﺳﺮ ﺟﻬﺎن ﺑﻪوﺟﻮد آورده اﺳﺖ. هدف از انجام این تحقیق، شناسایی مناطق ژنومی تحت انتخاب در گوسفندان اهلی در مقایسه با گوسفندان وحشی ایران و بررسی هستیشناسی ژنهای کاندید مرتبط با صفات اقتصادی میباشد. در این تحقیق، دادههای دو گروه گوسفند اهلی (106 راس) و وحشی (8 راس) بومی ایران بعد از ویرایش و کنترل کیفیت با نرمافزارهای R و Plink مورد آنالیز قرار گرفتند و نتایج حاصل با استفاده از سرورهای آنلاین DAVID، GeneCards و UniProtKB تفسیر شدند. نتایج نهایی نشان دادند، 95 منطقه ژنومی روی 23 کروموزوم در گوسفند وحشی و اهلی با هم اختلاف داشتند و بیشترین اختلاف روی کروموزومهای 13 و 7 بوده که به ترتیب با ژنهای 14 و 9 مرتبط میباشند. بررسی مناطق ژنومی دارای اختلاف در دو نژاد نشان دادند که این مناطق با صفات کیفیت و کمیت گوشت، شیر، چربی، استخوان (با فراوانی بالاتر در گونه اهلی) و سیستم ایمنی و مقاومت به انگل (با فراوانی بالاتر در گونه اهلی) مرتبط میباشند. برخی از ژنهای مهم شناسایی شده، شامل GABRB1، GRM3، HERC1، HERC3 و KCND2 بودند. در بررسی هستیشناسی ژنها، مسیرهای زیستی شناسایی شده مربوط به کانالهای عبور یونها از غشای سلولی، فرآیندهای تحریک عصبی عضلات، رشد مغز و مخچه، انتقال غشایی یونهای غیر آلی بود. مشخص نمودن صفات مهم اقتصادی و مکانیابی بخشهایی از ژنوم که در اثر انتخاب تغییر پیدا کردهاند، میتواند در برنامههای اصلاح نژادی گوسفند در کشور مورد استفاده قرار گیرد.