پویش ژنومی برای صفات مهم اقتصادی بلدرچین ژاپنی-مقایسه روش‌های چند مرحله‌ای بیز B و تک مرحله‌ای GBLUP

نویسندگان

1 گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران

2 گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران.

3 گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران.

4 گروه علوم دام و طیور، پردیس ابوریحان، دانشگاه تهران، پاکدشت، ایران.

doi
10.22067/ijasr.2022.74284.1059
چکیده

هدف پژوهش حاضر، مقایسه میزان واریانس ژنتیکی افزایشی توجیه شده روش­ چند مرحله­ای بیزB  (MS-BayesB) با روش­­ پویش کل ژنومی تک مرحله­ای تصحیح شده مکرر (WssGWAS) برای صفات مرتبط با بازدهی خوراک در 920 قطعه بلدرچین ژاپنی بود. برای هر پرنده، افزایش وزن بدن (BWG)، میزان خوراک مصرفی (FI) و ضریب تبدیل خوراک (FCR) رکورد اندازه­گیری شده و با استفاده از یک تراشه SNP ژنوم بلدرچین ژاپنی (Illumina iSelect 4K) تعیین ژنوتیپ شدند. میزان اثر هر یک SNPها با استفاده از نرم افزار GenSel و BLUPF90 برآورد گردید. پنجره­هایی که بیش از ­1­% واریانس را بیان می­کردند به عنوان مناطق ژنومی اصلی استفاده شدند. نتایج این پژوهش نشان داد در مجموع روش WssGWAS از نظر میزان واریانس ژنتیکی افزایشی بیان شده در مقایسه با روش MS-BayesB عملکرد بهتری داشت. تعداد 15 پنجره ژنومی با بیش از 1­% واریانس ژنتیکی بیان شده روی 10 کروموزوم مختلف، 1/23% واریانس ژنتیکی صفت افزایش وزن بدن را توجیه می­کردند. تعداد 14 پنجره روی 9 کروموزوم مرتبط با میزان خوراک مصرفی بودند. این پنجره­ها 3/28% واریانس ژنتیکی را بیان می­کردند. همچنین برای ضریب تبدیل خوراک تعداد 12 منطقه ژنومی روی 9 کروموزوم، سهم 4/27% از واریانس ژنتیکی کل داشتند. نتایج این پژوهش نشان داد که در مجموع روش WssGWAS به علت استفاده همزمان از اطلاعات شجره­ای، فنوتیپی و ژنوتیپی عملکرد بهتری در مقایسه با روش­ چند مرحله­ای BayesB دارد. علاوه بر این، با توجه به شناسایی مناطق ژنومی جدید و نقش کلیدی ژن­های ذکر شده در ایجاد صفات وزن بدن و بازده خوراک می­توان کارآیی روش WssGWAS برای پویش ژنومی در صفات مهم اقتصادی در بلدرچین ژاپنی را تأیید کرد.