فهرست نشریات علمی دسترسی آزاد ایران

  مطالعه در سطح ترانسکریپتوم می­تواند فاصله بین ژنوتیپ و فنوتیپ را پر نموده و به درک ساز وکارهای تبدیل توالی به عملکرد کمک نمایند. در این مطالعه به منظور کشف چند شکلی­های تک­نوکلئوتیدی (SNP) از داده­های RNA-Seq دو جمعیت گاوهای هلشتاین آمریکا (Bos taurus) و کلیستانی پاکستان (Bos indicus) استفاده شد. کنترل کیفیت و ویرایش داده­ها توسط نرم افزار­های FASTQC و Trimmomatic انجام شد. با همردیفی و مکان­یابی خوانش­های RNA-Seq بر روی ژنوم مرجع گاو با استفاده از نرم افزار TopHat2، ترانسکریپتوم تشکیل شد، سپس با استفاده از بسته نرم­افزاری Samtools­، آنالیز کشف SNP بر روی ترانسکریپتوم صورت گرفت که منجر به شناسایی 50183 و 137954 جایگاه SNP به ترتیب در گاوهای هلشتاین و کلیستانی شد، که 15308 جایگاه مشترک بود. ارتباط مستقیمی بین تعداد SNP­های یافت شده و طول کروموزوم­ها مشاهده نشد. همچنین 12 نوع SNP شناسایی شد که چهار نوع جایگزینی نوکلئوتیدی عامل و هشت نوع جایگزینی نوکلئوتیدی غیر عامل بودند. شایعترین SNP­های شناخته شده، از نوع جایگزینی نوکلئوتیدی عامل بودند، که 6/70­% در نژاد کلیستانی و 6/69­% در نژاد هلشتاین وجود داشت. درمطالعه حاضر 12 نوع SNP شناسایی شد. چهار نوع از SNP­ها، از نوع جایگزینی نوکلئوتیدی عامل وهشت نوع جایگزینی نوکلئوتیدی غیر عامل بودند. شایعترین SNP­های شناخته شده، SNP­های از نوع جایگزینی نوکلئوتیدی عامل بودند، که به ترتیب 6/70­% SNP­ها در نژاد کلیستانی و 6/69­% SNP­ها در نژاد هلشتاین را شامل شد. نسبت جایگزینی نوکلئوتیدی عامل به غیر عامل (Ts/Tv) SNP­ها در نژاد کلیستانی برابر با 4/2 و در نژاد هلشتاین برابر با 3/­2 بود.