فهرست نشریات علمی دسترسی آزاد ایران

در این مطالعه با استفاده از داده‌های توالی‌یابی RNA-seq، به‌دست ‌آمده از 12 قطعه مرغِ ماده، بومی اصفهان و تجاری راس به بررسی ژن‌های با بیان متفاوت ،به شناسایی مهمترین ژن‌های مؤثر در سیستم آپوپتوزیز و تقویت آن پرداخته شد. در این بررسی کیفیت داده‌ها با استفاده از نرم‌افزار FastQC سنجیده شد. پس از حذف خوانش‌های بی کیفیت، با استفاده از نرم افزار Trimmomatic، نقشه یابی داده‌ها با استفاده از نرم‌افزار TOP HAT2 انجام گرفت. شبکة ژنی آپوپتوزیز توسط پایگاه استرینگ رسم و آنالیز شد. تحلیل شبکه نشاندهنده معنی‌داریِ شبکه بوده و میزان و چگونگی ارتباط ژن‌ها مشخص شد. نتایج حاصل از بررسی ترنسکریپتوم‌های سیستم ایمنی با استفاده از Cuffdif نشان داد که از بین 1328 ژن دارای تفاوت بیان معنی‌دار در سیستم ایمنی، 11 ژن مربوط به آپوپتوزیز بود. همچنین ژن PIK3CD دارای بیشترین مقدارِ بیان در دو نژاد بومی و تجاری و PIK3CB دارای کمترین مقدارِ بیان در نژاد بومی بودند. بیشترین معنی‌داری در فرایندهای بیولوژیکی بر اساس آماره Bonferroni، مربوط به مسیرِ علامت‌دهی وابسته به اینوزیتول و بر اساس آماره P-value مربوط به مسیرِ تنظیم موضعی‌کردن پروتئین به سمت هسته می‌باشد. آنالیز شبکه ژنیِ آپوپتوزیز، منجر به شناسایی دو زیر شبکه (کلاستر) گردید که ژن شاخص آنها به ترتیب PIK3R1 و IL1R1 می باشد.