شناسایی microRNA (miRNA)ها و ژن‌های هدف آن‌ها در دو گونه Cichorium intybus و Cichorium endivia

نویسندگان

1 دانشجو گروه زراعت و اصلاح نباتات، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج

2 استاد گروه زراعت و اصلاح نباتات، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران

3 استادیار، گروه زراعت و اصلاح نباتات، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران

4 استادیار پژوهشکده کشاورزی هسته ای، پژوهشگاه علوم و فنون هسته ای، سازمان انرژی اتمی ایران، کرج

doi
10.22059/ijfcs.2020.252435.654449
چکیده

miRNAها مجموعه­ای از مولکول­های کوچک RNA غیرکد کننده­ و درونزاد، با طول حدود 22 نوکلئوتید هستند که در تنظیم پس از رونویسی از طریق تخریب mRNAهای هدف و یا سرکوب ترجمه آن‌ها، نقش دارند. این مولکول­ها به‌صورت تکاملی در قلمرو گیاهی حفاظت شده هستند؛ از این رو، با استفاده از ابزارها و روش­های مقایسه­ای می­توان آن‌ها و همچنین ژن­های هدف آن‌ها را پیشگویی کرد. در مطالعه­ حاضر، از روش­های بیوانفورماتیکی و آزمایشگاهی و همچنین توالی­های EST دو گونه کاسنی و miRNA موجود در بانک­های اطلاعاتی، جهت شناسایی miRNAها و ژن­های هدف آن‌ها در دو گونه C. intybus و C. endivia استفاده شد. این توالی­ها در ابتدا Blastn شدند و در نهایت و پس از طی مراحل مختلف، چهار miRNA متعلق به خانواده­های miR166، miR162، miR156 و miR393 شناسایی شد. همچنین تعداد زیادی ژن از جمله TIR1، ژنهای پروتئین­های متصل شونده به پروموتر Squamusa و ... به‌عنوان ژن­های هدف این miRNAها شناسایی شدند. نتایج Real Time PCR نشان داد که بیان miR156 در برگ گونه C. endivia، بیشتر از گل آن و همچنین بالاتر از بیان این miRNA در برگ و گل گونه C. intybus است.