فهرست نشریات علمی دسترسی آزاد ایران

گیاه باریجه با نام علمی Ferula gummosa Boiss، از تیره چتریان بومی مناطق شرق و غرب ایران است. گیاه باریجه به دلیل داشتن قابلیت استحصال شیرابه ای با ارزش دارویی و صنعتی، بسیار مورد توجه است. اگر چه این شیرابه از حیث صادرات گیاهان دارویی مرتعی ایران در رتبه اول قرار دارد و خواص دارویی و کاربردهای صنعتی فراوانی دارد اما اطلاعات اندکی در زمینه مکانیسمهای بیوشیمیایی و ژنتیکی تولید این ترکیبات وجود دارد. در حال حاضر تکنیک RNA-Seq جزو پرکاربردترین و دقیقترین روشهای ترانسکریپتومیکس به شمار می رود. در تحقیق حاضر جهت ارزیابی ترانسکریپتوم باریجه از روش RNA-seq برای دو اندام ریشه و گل استفاده گردید. خوانشهای بدست آمده از دستگاه Illumina HiSeq2000 پس از تعیین کیفیت، با نرم افزار Trinity مونتاژ و سپس از نظر عملکرد مورد ارزیابی قرار گرفتند. ترانسکریپتوم حاصله دارای 158436 ترانسکریپت با N50 برابر با 1348 نوکلئوتید بود که پس از بلاست با دیتابیسهای مختلف 100275 ترانسکریپت از نظر عملکردی تفسیر شدند. ارزیابی نتایج بلاست nr از نظر هستی شناسی ژنها منجر به شناسایی 73678 ترانسکریپت دارای حداقل یک GO گردید که از بین آنها از نظر فرایندهای زیستی، فرایندهای سلولی و متابولیکی بیشترین GOها را به خود اختصاص دادند که این حالت نشان دهنده وضعیت فعال متابولیکی گیاه میباشد. ارزیابی ترانسکریپتوم از نظر ژنهای ارتولوگ منجر به شناسایی 42452 ژن از 3925 خانواده عملکردی در 26 کلاس کلی گردید. کلاس متابولیت های ثانویه، انتقال و کاتابولیسم با فراوانی 25/4 درصد از جمله فعالترین کلاسهای عملکردی در گل و ریشه باریجه میباشند.