پایگاههای داده های اصلی جهت مطالعه بیان ژن ها در گیاهان (مطالعه موردی: برنج)
نویسندگان
1 دانش آموخته دکتری، گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، رشت، ایران
2 استاد، گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، رشت، ایران
doi
10.22124/c.2019.13568.1499چکیده
برنج بهعنوان یکی از مهمترین گیاهان زراعی، کوچکترین ژنوم را در بین غلات دارد و بهعنوان یک گیاه مدل برای مطالعات ژنتیکی مطرح است. کوچک بودن ژنوم این گیاه باعث شده است که مطالعات جامعی روی آن انجام شود و در نتیجه مقدار زیادی اطلاعات بهدست آید. جمعآوری و نگهداری مناسب این اطلاعات (دادهها) و مدیریت هر چه بهتر دادههای حاصل از آزمایشهای مختلف در قالب یک پایگاه دادهها، جهت دسترسی محققین به آنها برای جلوگیری از دوبارهکاری و نیز مقایسه نتایج خود با نتایج سایر محققین، از اهمیت ویژهای برخوردار است. برای رسیدن به این هدف، میتوان از بیوانفورماتیک کمک شایان توجهی گرفت. بنابراین، ایجاد و توسعه پایگاههای دادههای تخصصی و استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک برای پردازش دادهها، سازماندهی کارآمد، تجزیه و تحلیل و تجسم آنها امری ضروری است. در این مقاله، پایگاههای دادههای عمده برای مطالعه بیان ژنها در سه سطح RNA، پروتئین و متابولوم در گیاه برنج بررسی میشود و ویژگیهای این پایگاهها برای هر سطح مورد بحث و بررسی قرار میگیرد.