فهرست نشریات علمی دسترسی آزاد ایران

هدف: نشانگرهای توالی ساده تکراری (SSR) یا ریزماهواره ها به دلیل پوشش مناسب ژنومی و تکرارپذیری بالا یکی از بهترین و کاملترین ابزارهای مولکولی در بررسی تنوع ژنتیکی به شمار می‏آیند. نشانگرهای توالی ساده تکراری برای عقرب آندراکتونوس کراسیکودا تاکنون گزارش نشده اند. لذا این مطالعه با هدف شناسایی و اعتبار سنجی نشانگرهای توالی ساده تکراری مربوط به عقرب اندراکتونوس کراسیکودا با استفاده از داده‌های RNA-Seq انجام شد.مواد و روش ها: پس از استخراج RNA از غده زهر عقرب، ارزیابی کیفی و کمی انجام گرفت. سپس نمونه ها با پلتفورم Illumina HiSeq 2000 توالی‏یابی شدند. برای ویرایش داده‏های خام و رسیدن به دقت و صحت بالاتر از نرم‏افزارTrimmomatic )نسخه 0.36 ( استفاده شد. بازسازی رونوشت‏ها به روش De novo با استفاده از نرم افزار Trinity انجام شد. در ادامه به منظور شناسایی نشانگرهای SSR جدید، ترانسکریپتوم عقرب آندراکتونوس کراسیکودا با استفاده از نرم افزار FullSSR (نسخه 1.5) مورد انالیز قرار گرفت. به منظور اعتبارسنجی نشانگرهای SSR شناسایی شده، 8 جفت پرایمر توسط نرم افزار PRIMER 3 طراحی و با روش واکنش زنجیره‏ای پلیمراز بر روی 60 نمونه DNA استخراج شده از بافت عقرب مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج: سرهم‌بندی رونوشت‌ها توسط برنامه Trinity، در مجموع 744804 ترانسکریپت و 563526 یونی ژن ایجاد کرد. در این مطالعه، بررسی 952725توالی به وسیله نرم‌افزار FullSSR ، منجر به شناسایی تعداد 315395 نشانگر SSR شد. در میان SSRها، تکرارهای دو و سه نوکلئوتیدی به ترتیب با 85/71 درصد و 36/22 درصد بیشترین تعداد تکرار را به خود اختصاص دادند. از 8 جایگاه مورد بررسی 2 جایگاه چندشکلی را نشان داد. هتروزیگوسیتی مورد انتظار و مشاهده شده برای جایگاه RK1354 به ترتیب 765/0 و 683/0 و همچنین برای جایگاه NK1362 به ترتیب 768/0 و 633/0 محاسبه شد. آماره شاخص تثثبیت (Fis) برای هر دو جایگاه تقریبا 1/0 بود که نشاندهنده همخونی کم در جمعیت است. بعلاوه، آزمون کای مربع نشان داد که جمعیت برای هر دو جایگاه در تعادل هاردی-‏وینبرگ قرار ندارد. نتیجه گیری: نتایج ارزیابی معیار‌های مختلف تنوع ژنتیکی همگی گویای این است که جمعیت از تنوع بالایی برخوردار است اما عواملی در حال کاهش تنوع در بین جمعیت مورد مطالعه هستند. به طوری که جمعیت از تعادل خارج شده است و تعداد هتروزیگوت های مشاهده شده کمتر از هتروزیگوت های مورد انتظار شده است.