اتصال توالی‌های ژنی کدکننده‌ی نواحی اپی‌توپی پروتئین‌های غیرساختاری ویروس تب برفکی به روش OE-PCR یک مرحله‌ای

نویسندگان

1 بخش تحقیق و تولید واکسن های باکتریایی بی هوازی، موسسهی تحقیقات واکسن و سرمسازی رازی، سازمان تحقیقات، ترویج و آموزش کشاورزی، کرج، ایران

2 گروه علوم سلولی و مولکولی، دانشگاه خوارزمی کرج

3 بخش تحقیق و تولید واکسن های بی هوازی، موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، کرج

4 موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، کرج

doi
10.22103/jab.2022.16686.1275
چکیده

هدف: تب برفکی یک بیماری بسیار ویرانگر در حیوانات زوج‌سم می‌باشد که خسارات اقتصادی گسترده‌ای در صنعت دامپروری ایجاد می‌کند. اخیراً روش‌های تشخیصی این بیماری برای ردیابی آنتی‌بادی‌های علیه پروتئین‌های غیرساختاری ویروس تب برفکی بسیار توسعه‌یافته‌اند. پروتئین‌های غیرساختاری 3ABC و 3D که ارائه‌دهنده‌ی اپی‌توپ‌های خطی سلول‌های B هستند، تشخیص مؤثر دام‌های آلوده به ویروس را امکان‌پذیر می‌کنند. در این تحقیق، اپی‌توپ‌های خطی ایمنی‌زای غالب از پروتئین‌های 3ABD برای طراحی ساخت توالی ژنی جدید و اتصال قطعات 3AB و 3D در نظر گرفته شد.  مواد و روش‌ها: از تکنیک گسترش نواحی همپوشان به کمک واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (OE-PCR) برای سنتز توالی 3ABD آنتی‌ژنی استفاده شد. RNA ویروسی از سلول‌های BHK آلوده به ویروس جداسازی و رونویسی معکوس شد. برای حذف توالی میانی 654 نوکلئوتیدی ژن3C ، یک جفت آغازگر داخلی با 29 نوکلئوتید همپوشان و یک جفت آغازگر خارجی طراحی شدند. قطعات 3AB و 3D هرکدام در واکنش‌های جداگانه‌ی PCR تکثیر شدند و پس از الکتروفورز از ژل تخلیص شدند. این قطعات به عنوان الگو در OE-PCR برای سنتز توالی 3ABD به کمک آغازگرهای خارجی و آنزیم Pfu‌‌پلیمراز در یک واکنش یک مرحله‌ای مورداستفاده قرار گرفتند. نتایج: نتایج این مطالعه نشان داد که هرکدام از قطعات 3AB  (418 جفت باز) و 3D  (557 جفت باز) با توالی‌های همپوشان به‌ترتیب در انتهای '3 و '5 تکثیر شدند. OE-PCR منجر به تکثیر چندین قطعه شد و قطعه‌ی 3ABD با طول موردنظر (946 جفت باز) پس از توالی‌یابی تایید شد. تنها با در نظر گرفتن 29 جفت باز همولوژی در طراحی آغازگرهای همپوشان و یک آنزیم پلیمراز با دقت بالا، دو ناحیه‌ی اپی‌توپی از پروتئین‌های غیرساختاری ویروس تب برفکی (3’-3AB و 5’-3D) به هم متصل شدند. نتیجه‌گیری: توالی ژنی ساخته شده به روش OE-PCR یک مرحله‌ای، علاوه براین که نواحی آنتی‌ژنی پروتئین‌های غیرساختاری 3ABD ویروس تب برفکی را دارا می‌باشد، مشکلات مربوط به هزینه‌ی بالای سنتز پپتید را ندارد و می‌تواند گزینه‌ی مناسبی برای تولید پروتئین نوترکیب و بررسی امکان استفاده در تشخیص بیماری تب برفکی به روش الایزا باشد.