فهرست نشریات علمی دسترسی آزاد ایران

هدف: اقلیم‌های آب و هوایی گوناگون ایران باعث بوجود آمدن تنوع ژنتیکی قابل توجهی در اکوتیپ‌های مرغ‌ بومی گردیده است. انتخاب مصنوعی برای پیشرفت ژنتیکی در صفات اقتصادی منجر به کاهش تنوع ژنتیکی در گونه­های اهلی دام و طیور  می‎گردد. از طرف دیگر با شناسایی پتانسیل ژنتیکی اکوتیپ‌های بومی و مدیریت برنامه‌های بهنژادی می‌توان همراه با حفظ تنوع ژنتیکی از افزایش بهره‎وری در جمعیت‌های مرغ بومی نیز سود جست. با این حال تاکنون مطالعه‌ایی در سطح ژنوم برای شناسایی خصوصیات ژنتیکی مرغ بومی صورت نگرفته است.  هدف این پژوهش شناسایی پتانسیل ژنتیکی اکوتیپ‌های مرغ بومی ایران برای هدف گذاری مناسب برنامه‌های بهنژادی و حفاظت ژنتیکی می‌باشد.مواد و روش‌ها: در این مطالعه داده‌های ژنومی 51 قطعه از اکوتیپ‌های مرغ بومی، 11 قطعه از لاین آرین و 10 قطعه از  نژاد لگهورن از بخش علوم دامی دانشگاه شهید باهنر کرمان تهیه شد. نقشه گذاری با ژنوم رفرنس بوسیله برنامه BWA انجام شد. شناسایی واریانت تک نوکلئوتیدی  بوسیله نرم افزار GTAK انجام گرفت. بررسی روابط فیلوژنتیکی با استفاده از روش  اتصال مجاورین و نرم افزار مگا‌ (نسخه 7) انجام شد. محاسبه Fst و بررسی همخونی بین جمعیت‌ها با استفاده از برنامه‌های Admixture و VCFtools انجام گرفت.نتایج: درصد همردیفی با ژنوم مرجع برای تمامی نمونه‌های مورد بررسی بین 83 تا 95 درصد گزارش شد و تعداد 56/14 میلیون چند­ریختی تک نوکلئوتیدی از ژنوم مرغ‌های بومی و تجاری گزارش شد. نتایج واکاوی درخت فیلوژنی  نشان داد که تقریبا  اکوتیپ‌‌های مورد مطالعه در گروه‌های جداگانه‌ایی قرار می‌گیرند. بر اساس این نتایج می‌توان بیان داشت که اکوتیپ‌های مرغ بومی شباهت ژنتیکی بیشتری به لاین آرین دارند و  نسبت به نژاد لگهورن دارای شباهت ژنتیکی کمتری می‌باشند. یافته‌های به دست آمده از بررسی سطح هم‌خونی و آماره Fst نیز تایید کننده نتایج آنالیز فیلوژنی بود. برای نمونه، بیشترین مقدار Fst  بین نژاد لگهورن و اکوتیپ مرندی به میزان  219/0 تعیین شد.  نتیجه‌گیری: با توجه‌ به قرابت ژنتیکی بیشتر اکوتیپ‌های مرغ بومی با لاین‌آرین،‌ با هدف‌ گذاری برنامه‌های بهنژادی برای صفات تولید گوشت در جمعیت‌های مرغ بومی، می‌توان پیشرفت ژنتیکی بیشتری را برای این صفات انتظار داشت. با هدفمند شدن برنامه‌های بهنژادی می‌‌توان از ذخایر ژنتیکی در جهت افزایش بهره‌وری همراه با حفظ تنوع ژنتیکی اکوتیپ‌ها سود جست.