فهرست نشریات علمی دسترسی آزاد ایران

هدف: در طی یک دهه گذشته حدود 30-20 درصد جنگلهای زاگرس با معضلی به نام زوال بلوط مواجه شده­اند. تحقیق حاضر با هدف بررسی تنوع باکتریایی مناطق جنگلی سالم و زوال یافته از طریق مقایسه نتایج دو روش مبتنی بر کشت و مستقل از کشت طراحی و انجام شد.مواد و روش‌ها: از بافت­های مختلف درختان بلوط و خاک اطراف آنها در جنگل­های مناطق مختلف استان ایلام نمونه برداری انجام شد. در روش مبتنی بر کشت با استفاده از روش­های میکروبیولوژی و مولکولی، باکتری­های موجود در نمونه­ها جداسازی و شناسایی تا سطح جنس و گونه شناسایی شدند. به منظور مطالعه متاژنومیکس در روش مستقل از کشت، DNA میکروبی به طور مستقیم از نمونه­ها استخراج و با آماده سازی کتابخانه متاژنومی با استفاده از آغازگرهای عمومی و نشانگر، تنوع باکتریایی با استفاده از پلتفرم Miseq کمپانی Illumina مورد بررسی قرار گرفت و در ادامه نتایج دو روش مورد مقایسه قرار گرفت.نتایج: بر اساس روش مبتنی بر کشت، تنها 3 فیلوم شناسایی شد، در صورتیکه در روش متاژنومیکسی، تعداد 9416 OTU بدست آمد که به 12 فیلوم تقسیم بندی شدند. در هر دو روش 3 خانواده Bacillaceae، Enterobacteriacea و Xanthomonadaceae به عنوان خانواده­های غالب مشاهده شدند. تنوع گونه­ایی در یک نمونه (تنوع آلفا) در نمونه رایزوسفر و در مناطق ایوان و گله جار نسبت به سایر نمونه­ها بیشتر بود که در روش مبتنی بر کشت نیز این دو منطقه از تنوع گونه­ای بیشتر برخوردار بودند. تنوع گونه­ایی در بین نمونه­ها (تنوع بتا) در مناطق ایوان، گله­جار، چوار، تنگ­دالاب و ارغوان از نظر ترکیب گونه­ای مشابه بودند. اما جامعه باکتریایی ساقه و برگ نسبت به سایر نمونه­ها شباهت بیشتری داشتند و بالک و رایزوسفر هم از نظر ترکیب گونه­ای شباهت بیشتری با یکدیگر داشتند.نتیجه‌گیری: در روش متاژنومیکس جنس­های با تنوع خیلی کم هم شناسایی می­شود در صورتیکه در روش مبتنی بر کشت احتمال این موضوع ضعیف است. ضمنا در روش مستقل از کشت می­توان تنوع آلفا و بتا را به شکل جامع­تری بررسی کرد. در روش مبتنی بر کشت می­توان جمعیت باکتریایی را تا سطح گونه شناسایی کرد در صورتیکه در روش مستقل از کشت معمولا تا سطح جنس شناسایی می­شود. لذا پیشنهاد می­شود در مطالعات بررسی جوامع میکروبی ترکیب دو روش مبتنی و مستقل از کشت همزمان استفاده شود.