پویش کل ژنوم بر پایه روش آماری غنی‌سازی شبکه ژنی( آنالیز مسیر) مرتبط با تعداد بره متولد شده در هر زایش متعلق به گوسفند زندی

نویسندگان

1 استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک، اراک، ایران

2 هیئت علمی گروه اصلاح دام دانشگاه تهران

3 استادیار گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران

doi
10.22103/jab.2022.18185.1342
چکیده

هدف: صفات تولیدمثل (مخصوصاً تعداد بره متولد شده در هر زایش) یکی از مهم­ترین صفات مهم اقتصادی در سیستم­های پرورش گوسفند می­باشد. پژوهش حاضر با هدف شناسایی مناطق ژنی، ژن­های کاندیدا و مسیرهای زیستی مؤثر بر تعداد بره متولد شده میش نژاد زندی بر اساس آنالیز غنی­سازی مجموعه‌­های ژنی بوده است.مواد و روش‌ها: بدین منظور، میش­های با باروری بالا با حداقل یک رکورد دوقلوزایی و میش­های دیگر با تنها رکورد­های تک قلوزا با استفاده از آرایه­های 50K گوسفندی تعیین ژنوتیپ شدند. آنالیز پویش کل ژنومی بر پایه آنالیز مسیر در سه مرحله تعیین مکان SNPهای معنی­‌دار با ژن، ارتباط ژن‌­ها به طبقات عملکردی و مسیرهای بیوشیمیایی و پویش کل ژنومی بر پایه آنالیز مسیر انجام می‌­شود. بر این اساس، ارزیابی پویش ژنومی با استفاده از روش مورد-شاهدی در برنامه PLINK انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاری biomaRt2 ژن­های معنی­داری شناسایی گردید. در نهایت، تفسیر مجموعه ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن­‌های نزدیک به مناطق انتخابی و ژن‌­های کاندیدا از طریق پایگاه‌­های GO، KEGG، DAVID و PANTHER انجام شد.نتایج: در این پژوهش، ژن­های AFP، FOXO3، ESR1، ESR2، RBP4، AURKA،DLG1 و ZGLP1 با تعداد بره متولد شده در هر زایش مرتبط بودند (05/0P <). در تحلیل غنی­سازی مجموعه­های ژنی، تعداد 11 مسیر با صفت تعداد نتاج در هر زایش مرتبط بودند. از بین مسیرهای زیستی شناسایی شده، مسیرهای Oocyte differentiation،Ovulation from ovarian follicle ، Estrogen signaling pathway و Positive regulation of peptide hormone secretion نقش مهمی در نرخ تخمک­ریزی و استروئیدوژنز تخمدانی داشتند.نتیجه‌گیری: با توجه به تأیید مناطق قبلی پویش ژنومی صفت تعداد نتاج متولد شده در هر زایش، همچنین شناسایی مناطق ژنومی جدید، آنالیز غنی­سازی مجموعه­ی ژنی درک بهتری از کنترل ژنتیکی صفت تعداد نتاج متولد شده را نشان می­دهد. استفاده از نتایج این تحقیق می­تواند سبب تسریع در پیشرفت ژنتیکی برنامه­های اصلاح نژادی گوسفند شود.