پویش کل ژنوم بر پایه روش آماری غنیسازی شبکه ژنی( آنالیز مسیر) مرتبط با تعداد بره متولد شده در هر زایش متعلق به گوسفند زندی
نویسندگان
1 استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک، اراک، ایران
2 هیئت علمی گروه اصلاح دام دانشگاه تهران
3 استادیار گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران
doi
10.22103/jab.2022.18185.1342چکیده
هدف: صفات تولیدمثل (مخصوصاً تعداد بره متولد شده در هر زایش) یکی از مهمترین صفات مهم اقتصادی در سیستمهای پرورش گوسفند میباشد. پژوهش حاضر با هدف شناسایی مناطق ژنی، ژنهای کاندیدا و مسیرهای زیستی مؤثر بر تعداد بره متولد شده میش نژاد زندی بر اساس آنالیز غنیسازی مجموعههای ژنی بوده است.مواد و روشها: بدین منظور، میشهای با باروری بالا با حداقل یک رکورد دوقلوزایی و میشهای دیگر با تنها رکوردهای تک قلوزا با استفاده از آرایههای 50K گوسفندی تعیین ژنوتیپ شدند. آنالیز پویش کل ژنومی بر پایه آنالیز مسیر در سه مرحله تعیین مکان SNPهای معنیدار با ژن، ارتباط ژنها به طبقات عملکردی و مسیرهای بیوشیمیایی و پویش کل ژنومی بر پایه آنالیز مسیر انجام میشود. بر این اساس، ارزیابی پویش ژنومی با استفاده از روش مورد-شاهدی در برنامه PLINK انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاری biomaRt2 ژنهای معنیداری شناسایی گردید. در نهایت، تفسیر مجموعه ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژنهای نزدیک به مناطق انتخابی و ژنهای کاندیدا از طریق پایگاههای GO، KEGG، DAVID و PANTHER انجام شد.نتایج: در این پژوهش، ژنهای AFP، FOXO3، ESR1، ESR2، RBP4، AURKA،DLG1 و ZGLP1 با تعداد بره متولد شده در هر زایش مرتبط بودند (05/0P <). در تحلیل غنیسازی مجموعههای ژنی، تعداد 11 مسیر با صفت تعداد نتاج در هر زایش مرتبط بودند. از بین مسیرهای زیستی شناسایی شده، مسیرهای Oocyte differentiation،Ovulation from ovarian follicle ، Estrogen signaling pathway و Positive regulation of peptide hormone secretion نقش مهمی در نرخ تخمکریزی و استروئیدوژنز تخمدانی داشتند.نتیجهگیری: با توجه به تأیید مناطق قبلی پویش ژنومی صفت تعداد نتاج متولد شده در هر زایش، همچنین شناسایی مناطق ژنومی جدید، آنالیز غنیسازی مجموعهی ژنی درک بهتری از کنترل ژنتیکی صفت تعداد نتاج متولد شده را نشان میدهد. استفاده از نتایج این تحقیق میتواند سبب تسریع در پیشرفت ژنتیکی برنامههای اصلاح نژادی گوسفند شود.