تجزیه و تحلیل ژنتیکی و فیلوژنتیکی ناحیه D-loop ژنوم میتوکندری بز نجدی

نویسندگان

1 دانش آموخته ژنتیک و اصلاح دام گروه علوم دامی

2 دانشیاراستاد گروه علوم دامی –دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی –دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان-اهواز-ایران

3 استادیار سازمان تحقیقات آموزش و ترویج کشاورزی، مؤسسه تحقیقات واکسن و سرم‌سازی رازی شعبه اهواز، گروه جانوران سمی و تولید پادزهر، اهواز، ایران

doi
10.22103/jab.2020.13666.1121
چکیده

هدف: تجزیه و تحلیل DNA میتوکندری به دلیل ویژگی‌هایی مانند تعداد کپی بالا، عدم نوترکیبی، نرخ جایگزینی بالا و وراثت مادری، یک ابزار قدرتمند در درک ما از تکامل بوده است. هدف از این مطالعه تجزیه و تحلیل ژنتیکی و فیلوژنتیکی ناحیه D-loop ژنوم میتوکندری در بز نژاد نجدی و همچنین بررسی ارتباط این نژاد با سایر نژادهای موجود در ایران و جهان بود. مواد و روش‌ها: 12 نمونه خون بز نجدی غیرخویشاوند از نقاط مختلف استان خوزستان تهیه شد. پس از استخراج DNA یک قطعه 968 جفت نوکلئوتیدی ناحیه D-loop ژنوم میتوکندری تکثیر و توالی‌یابی شد. سپس با توالی نوکلئوتیدی نژادهای دیگر ثبت شده در پایگاه NCBI مورد مقایسه قرار گرفت. در نهایت درخت فیلوژنتیک با استفاده از نرم‌افزار MEGA6 ترسیم گردید. نتایج: نتایج نشان داد که نژاد بز نجدی در هاپلوگروپ A قرار می‌گیرد و با نژادهای بز چینی و پاکستانی کمترین فاصله ژنتیکی را دارد. نتایج آنالیز تنوع ژنتیکی در جمعیت بز نجدی منجر به شناسایی 20 جهش با 5 هاپلوتیپ مختلف گردید. همچنین میزان تنوع هاپلوتیپی، نوکلئوتیدی و تعداد متوسط نوکلئوتیدهای مختلف (Tajima's D) به ترتیب 727/0، 009/0 و 54/0 برآورد شد که نشان‌دهنده تنوع بالا در این نژاد است. محاسبه شاخص تاجیما D نشان می‌دهد که در جمعیت بز نجدی، انتخاب طبیعی متعادل در حال انجام است و فراوانی آلل‌های کمیاب درون این جمعیت‌ها کم است. نتیجه‌گیری: تنوع ژنتیکی بز نجدی در طی سالهای متمادی افزایش یافته است و این در حالی است که تعداد این دام در استان خوزستان کاهش یافته است. افزایش تنوع ژنتیکی می‌تواند به دلیل آمیخته‌گری این نژاد با نژادهای پاکستانی و غیره باشد. نتیجه این تلاقی‌گری‌ها در آینده‌ای نزدیک انقراض بز نجدی خواهد بود و این موضوع توجه بیشتر مسئولان را می‌طلبد.