ارزیابی تنوع ژنتیکی و تعیین ساختار جمعیت ژنوتیپ‌های عدس با استفاده از نشانگر ریزماهواره

نویسندگان

1 استاد بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده علوم و فناوری زیستی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران.

2 استادیار پژوهش، بخش تحقیقات ژنتیک و بانک ژن گیاهی ملی ایران، موسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر، سازمان تحقیقات آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران ایمیل: m.pouresmael@areeo.ac.ir

3

4 گروه علوم و بیوتکنولوژی‌گیاهی، دانشکده‌ی‌ علوم ‌و ‌فناوری‌‌زیستی، دانشگاه شهید بهشتی تهران

5 سرپرست گروه پژوهشی زیست فناوری

doi
10.22103/jab.2020.13507.1114
چکیده

چکیده  هدف: عدس (Lens culinaris) سومین لگوم دانه­ای مهم در دنیا بعد از نخود و نخود فرنگی می­باشد. این مطالعه با اهداف (1) تعیین تنوع ژنتیکی و ساختار تغییرات مولکولی ژنوتیپ­ها و (2) شناسایی روابط بین ژنوتیپ­ها برای نگهداری، مدیریت و استفاده از این ژنوتیپ­ها در برنامه­های به­نژادی محصولات زراعی انجام شد. مواد و روش­ها: DNA ژنومی کل از برگ­های از هر ژنوتیپ با استفاده از پروتکل CTAB استخراج شد. پس از استخراج DNA ، نمونه­های DNA با استفاده از واکنش زنجیره­ای پلیمراز (PCR) تکثیر شدند. ارزیابی تنوع ژنتیکی 90 ژنوتیپ عدس با استفاده از 30 نشانگر SSR انجام شد. نتایج: در مجموع‌ 145 آلل چندشکل با میانگین 83/4 آلل به ازای هر جفت آغازگر تکثیر شد. بالاترین تعداد آلل به نشانگر SSR80 با 8 آلل و کمترین آن به SSR96‌‌، ‌SSR204‌،215‌SSR و SSR233 نشانگر با 3 آلل اختصاص داشت. میزان اطلاعات چندشکلی برای نشانگرها بین 83/0 تا 35/0 با میانگین 63/0 بود. بیشترین و کمترین میزان محتوای اطلاعات چندشکلی به نشانگر SSR80 و نشانگر SSR28 به ترتیب تعلق داشت. مقدار شاخص شانون از 94/1 (برای نشانگرSSR80 ) تا 829/0 (برای نشانگر SSR48) متغیر بود. هتروز‌یگو‌سیتی مور‌د انتظار  در ژنوتیپ­ها دامنه­ای از 845/0‌ (‌SSR80) و کمترین آن 422/0‌‌ (SSR48) مشاهده شد. میانگین این شاخص 643/0 به دست آمد. تجزیه خوشه­ای با روش مبتنی بر فاصله Neihbour-Joining  و تجزیه ساختار جمعیت با روش مبتنی بر مدل Bayesian انجام شد. بهترین تعداد زیر جمعیت 3 عدد شناسایی شد، که در زیرجمعیتها افرد بر اساس مناطق جغرافیایی از یکدیگر تفکیک نشدند. نتیجه­گیری: ﻧﺘﺎﯾﺞ این ﻣﻄﺎﻟﻌﻪ ﻧﺸﺎن داد ﮐﻪ نشانگر SSR ﮐﺎراﯾﯽ ﺑﺎﻻﯾﯽ برای ارزیابی ژنوتیپ­های مختلف دارد. این نشانگر ﺗﻮاﻧﺴت ﺗﻤﺎﻣﯽ ژﻧﻮﺗﯿﭗ­ﻫﺎ را ﺑﻪ ﺧﻮﺑﯽ از ﻫﻢ تفکیک ﮐﻨﻨﺪ.