بازسازی، آنالیز و مقایسه توپولوژی شبکههای ژنی مبتنی بردادههای RNA-Seq دخیل در صفات چند فاکتوره تولید مثلی و باروری
نویسندگان
1 دانشجوی دکترا، بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران
2 نویسنده مسئول، استاد، بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران
3 استادیار، گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران
doi
10.22103/jab.2019.13510.1112چکیده
هدف: علیرغم اهمیت باروری در گونههای مختلف، موفقیتهای کمی در فهم اساس باروری از منظر لایههای مختلف OMICS به دست آمده است. برای فهم بهتر اساس مولکولی باروری، نیمرخ ترانسکریپتوم بافتهای مختلف در گاو مورد بررسی قرار گرفت. مواد و روشها: بافتهای کبد، عضله، اندومتریوم و جسم زرد در گاوهایی با شایستگی ژنتیکی بالا و پایین در صفات تولیدمثلی با استفاده از دادههای RNA-Seq مورد پژوهش قرار گرفت. در ابتدا فهرست ژن های مربوط به جسم زرد که تفاوت بیانی داشتند تهیه و در ادامه شبکه هم بیان ژنی برای این فهرست ژنی ایجاد شد. نتایج: تعداد ژن های محدودی در بافتهای کبد، عضله و اندومتریوم تفاوت بیان نشان دادند ولی در مقابل تعداد قابل توجهی ژن در جسم زرد تفاوت بیانی از خود نشان دادند. بر این اساس،. تعداد 264 ژن و 6 ماژول عملکردی بعد از طبقه بندی ژن ها برای جسم زرد شناسایی شد. همه این ژن ها حداقل در یکی از فرآیندهای زیستی از قبیل پروتئولایسیز، سازماندهی آکتین، پاسخ ایمنی، چسبندگی سلولی، تمایز سلولی و متابولیک چربی نقش داشتند(p<0.01). نتیجهگیری: شناسایی ژن ها و بازسازی شبکه های تنظیمی میتواند افق جدیدی در راستای فهم چگونگی سازو کار فرآیندهای زیستی باز کند. همچنین این پژوهش فهم ما را در نقش بافتهای مختلف روی باروری در گاوهای شیری را نشان می دهد.