شناسایی واریانتهای ژنتیکی در لاینآرین و بررسی عملکرد آنها با استفاده از توالییابیکل ژنوم
نویسندگان
1 دانشجوی دوره دکتری پژوهشکده زیست فناوری، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران.
2 شیراز شیراز- کیلومتر12 جاده شیراز اصفهان -منطقه باجگاه- دانشکده کشاورزی - گروه زراعت و اصلاح نباتات دانشیار پژوهشکده زیست فناوری، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران.
3 دانشیار بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران.
4 استاد بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران.
5 استاد پژوهشکده زیست فناوری، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران.
doi
10.22103/jab.2018.2207چکیده
هدف: مطالعه حاضر، اولین پژوهش برای شناسایی واریانتهای ژنتیکی در لاین آرین با اطلاعات توالییابی کل ژنوم است. مطالعه خصوصیات لاین آرین در سطح ژنوم، میتواند تفاوتهای ژنتیکی آن را در ارتباط صفات مهم اقتصادی از جمله رشد شرح دهد. مواد و روشها: در این پژوهش، از اطلاعات توالی کل ژنوم سه قطعه مرغ آرین استفاده شد. نتایج: نتایج نشان داد که 63866 واریانت بین نمونهها مشترک است که از این تعداد، 17604 واریانت به عنوان واریانت جدید برای اولین بار در این پژوهش گزارش شدند. همچنین، 604 واریانت در مناطق کدکننده ژنوم وجود دارند که از این تعداد، 204 واریانت منجر به تغییر در نوع آمینواسیدی پروتئینها میگردند. با توجه به مهم بودن کیفیت پروتئین جیره برای رشد و افزایش وزن برای طیور، نتایج ژن آنتولوژی نشان داد که مسیر کاتابولیسم پروتئینها و مسیرهای تغییرات پس از ترجمهی پروتئینهای مرتبط با رشد دارای اهمیتی دوچندان هستند. همچنین، ژنهای کاندیدایSMURF2 و SUMO1 برای این مسیرهای بیولوژیک پیشنهاد شد. یکی دیگر از نتایج قابل توجه ژن آنتولوژی، معنیدار شدن مسیرهای پاسخ به تنش بود. نتیجهگیری: در لاین آرین به دلیل انتخاب شدید برای دستیابی به پیشرفت ژنتیکی بالا در صفات رشد، وجود تنش اجتنابناپذیر است. بنابراین، معنیدار شدن مسیرهای پاسخ به تنش، میتواند نشان دهنده اهمیت این مسیرها در ارتباط با عملکرد مطلوب باشد.
