کاربرد الگوریتم uMelt SM در آنالیز منحنی ذوب Real-time PCR

نویسندگان

1 دانش آموخته کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی، گروه علوم گیاهی و بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فناوری زیستی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران.

2 هیئت علمی موسسه ملی گیاهان زینتی (NIOP)، تحقیقات باغبانی علوم، تحقیقات کشاورزی، آموزش و توسعه، محلات، ایران.

doi
10.22103/jab.2018.2150
چکیده

یکی از چالش­های موجود در تفسیر نتایج qPCR ، اطمینان از اختصاصی بودن قطعات تکثیر شده است که برای بررسی آن از آنالیز منحنی ذوب استفاده می­شود. پیک­های اضافی در منحنی ذوب همیشه نشان دهنده یک مشکل نیست، به همین منظور در این مقاله یک ابزار مبتنی بر وب به نام uMelt SM به عنوان راهکاری کاربردی و ساده برای آنالیز صحیح منحنی ذوب به محققین پیشنهاد می­گردد که امکان پیش­بینی منحنی ذوب DNA و پروفیل­های واسرشته سازی را با وضوح بالای فلورسنت از محصولات PCR فراهم می­کند. نتایج این مطالعه نشان داد که منحنی­های ذوب براساس چه پارامترهایی تولید شده و الگوریتم مناسب برای نحوه کار با این نرم افزار ارائه گردید. در نهایت ژن­های اکتین و سوپراکسید دیسموتاز از قارچ  Pyricularia oryzae به عنوان الگوی مناسب برای تعیین منحنی پیش­بینی شده با استفاده از این نرم­افزار ارائه گردید و منحنی Real-time PCR نیز ترسیم شد. براساس نتایج منحنی ذوب با استفاده از نرم افزار uMelt SM در مقایسه با منحنی ذوب دستگاه Real-Time PCR تطابق بالایی را نشان می­دهد که این نتایج تأییدی بر مزیت­هایی همچون سهولت استفاده، صرفه­جویی در زمان، هزینه و تلاش در بخش تجربی با استفاده از این نرم­افزار می­باشد.