کاربرد الگوریتم uMelt SM در آنالیز منحنی ذوب Real-time PCR
نویسندگان
1 دانش آموخته کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی، گروه علوم گیاهی و بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فناوری زیستی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران.
2 هیئت علمی موسسه ملی گیاهان زینتی (NIOP)، تحقیقات باغبانی علوم، تحقیقات کشاورزی، آموزش و توسعه، محلات، ایران.
doi
10.22103/jab.2018.2150چکیده
یکی از چالشهای موجود در تفسیر نتایج qPCR ، اطمینان از اختصاصی بودن قطعات تکثیر شده است که برای بررسی آن از آنالیز منحنی ذوب استفاده میشود. پیکهای اضافی در منحنی ذوب همیشه نشان دهنده یک مشکل نیست، به همین منظور در این مقاله یک ابزار مبتنی بر وب به نام uMelt SM به عنوان راهکاری کاربردی و ساده برای آنالیز صحیح منحنی ذوب به محققین پیشنهاد میگردد که امکان پیشبینی منحنی ذوب DNA و پروفیلهای واسرشته سازی را با وضوح بالای فلورسنت از محصولات PCR فراهم میکند. نتایج این مطالعه نشان داد که منحنیهای ذوب براساس چه پارامترهایی تولید شده و الگوریتم مناسب برای نحوه کار با این نرم افزار ارائه گردید. در نهایت ژنهای اکتین و سوپراکسید دیسموتاز از قارچ Pyricularia oryzae به عنوان الگوی مناسب برای تعیین منحنی پیشبینی شده با استفاده از این نرمافزار ارائه گردید و منحنی Real-time PCR نیز ترسیم شد. براساس نتایج منحنی ذوب با استفاده از نرم افزار uMelt SM در مقایسه با منحنی ذوب دستگاه Real-Time PCR تطابق بالایی را نشان میدهد که این نتایج تأییدی بر مزیتهایی همچون سهولت استفاده، صرفهجویی در زمان، هزینه و تلاش در بخش تجربی با استفاده از این نرمافزار میباشد.