شناسایی SNPها در نواحی اگزونی ژن‌های اوژنول O-متیل ترنسفراز و چاویکول O-متیل ترنسفراز در گیاه ریحان

نویسندگان

1 دانشجوی کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی، گروه اصلاح و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ارومیه، ارومیه، ایران.

2 دانشیار گروه اصلاح و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ارومیه، ارومیه، ایران

doi
10.22103/jab.2018.2070
چکیده

به منظور شناسایی تنوع‌های تک نوکلئوتیدی Single nucleotide polymorphism)) در ژن‌های اوژنول O-متیل ترنسفراز (EOMT) و چاویکول O-متیل ترنسفراز (CVOMT) در توده‌های مختلف ریحان از نشانگرهای CAPS (Cleaved amplified polymorphic sequences) و توالی‌یابی استفاده شد. قطعاتی با اندازه 571 و 908 جفت باز از نواحی کد کننده این دو ژن‌ تکثیر و با آنزیم‌‌های برشی Pst1 و MseI هضم شد. آنزیم Pst1 در ژن EOMT دو قطعه با اندازه‌های480 و 91 جفت باز و در ژن CVOMT قطعاتی با اندازه‌های 621 و 287 جفت باز تولید می­کند. برش قطعات تکثیری هر دو ژن با آنزیم Pst1 الگوهای مشابهی در 80 فرد تولید کرد. آنزیم MseI در این دو ژن به ترتیب قطعاتی با اندازه‌های 59، 135 و 377 جفت باز و 275، 302 و 331 جفت باز تولید می­کند. برش قطعات تکثیر شده هر دو ژن با این آنزیم در افراد مورد مطالعه الگوهای برشی متنوعی تولید کرد. از هر نوع الگوی برشی یک نمونه انتخاب و توالی‌یابی شد. توالی‌ها با استفاده از نرم افزار Clustal Omega هم ردیف و SNP‌ها در هر کدام از ژن­ها شناسایی شدند. نتایج همردیفی نشان داد جهش­های همجنس TC و AG در ژن EOMT مشاهده می­شود ولی جهش­های ناهمجنس در این ژن مشاهده نشد. در ژن CVOMT تبدیل بازهای AG، TC، AC و AT شناسایی گردید که بیشترین جهش مربوط به تبدیل بازهای AG بود. به‌طورکلی نتایج این تحقیق نشان داد که چندشکلی در نواحی اگزونی ژن‌های مورد مطالعه کم بوده و نواحی کد کننده این ژنها در طول تکامل ریحان محفوظ بوده است.