ارزیابی ساختار ژنتیکی شتر با استفاده از روشهای PCA و خوشهبندی سلسله مراتبی
نویسندگان
1 استاد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر، کرمان، ایران
2 دانش اموخته کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنرکرمان
3 دانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران/ انجمن پژوهشگران جوان، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران.
doi
10.22103/jab.2016.1549چکیده
الگوهای حاصل از دادههای مولکولی میتوانند جهت شناسایی ارتباط میان جمعیتهای یک گونه به کار گرفته شوند. در ایران، شتر به عنوان یکی از منابع مهم جهت تامین شیر، گوشت و الیاف کاربرد گستردهای دارد. با استفاده از 8 جفت نشانگر ریزماهواره (YWLL08، VOLP03، VOLP08، YWLL38، CVR01، YWLL44، VOLP32 وVOLP67 ) ساختار و فاصله ژنتیکی جمعیت 81 نفره شتر، ارزیابی گردید. با استفاده از روش نمکی بهینه یافته، DNA ژنومی شترها استخراج و تکثیر جایگاههای ریزماهواره از طریق واکنش زنجیرهای پلیمراز با موفقیت انجام شد و فرآوردههای حاصل روی ژل پلیآکریلآمید 8% واسرشتهساز الکتروفورز شدند. بیشترین فاصله ژنتیکی بین جمعیت شهربابک و صحرای جهاد (56/0) و کمترین آن بین دو جمعیت رفسنجان (11/0) مشاهده گردید. نتایج PCA به بهترین شکل تعداد گروههای ژنتیکی موجود در مجموعه دادهها را توجیه کرد و نشان داد که کل نمونهها به 3 مولفه اصلی تفکیک شدند. همچنین نتایج خوشهبندی سلسله مراتبی نشان داد که در اولین سطح خوشهبندی، جمعیتهای شهربابک، رفسنجان 1 و رفسنجان 2 در خوشه مشترکی قرار دارند و جمعیت شمشیرآباد خوشه متمایز دیگری را به خود اختصاص داده است، در حالیکه جمعیت صحرای جهاد در یک خوشه کاملا مستقل قرار گرفته است. در کل نتایج حاصل از این مطالعه نشان دهنده مطابقت خوشهبندی ژنتیکی جمعیتها با فواصل جغرافیایی آنهاست.