ارزیابی ساختار ژنتیکی شتر با استفاده از روش‌های PCA و خوشه‌بندی سلسله مراتبی

نویسندگان

1 استاد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر، کرمان، ایران

2 دانش اموخته کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنرکرمان

3 دانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران/ انجمن پژوهشگران جوان، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران.

doi
10.22103/jab.2016.1549
چکیده

الگوهای حاصل از داده­های مولکولی می­توانند جهت شناسایی ارتباط میان جمعیت­های یک گونه به کار گرفته شوند. در ایران، شتر به عنوان یکی از منابع مهم جهت تامین شیر، گوشت و الیاف کاربرد گسترده­ای دارد. با استفاده از 8 جفت نشانگر ریزماهواره (YWLL08، VOLP03، VOLP08، YWLL38، CVR01، YWLL44،  VOLP32 وVOLP67 ) ساختار و فاصله ژنتیکی جمعیت 81 نفره شتر، ارزیابی گردید. با استفاده از روش نمکی بهینه یافته، DNA ژنومی شترها استخراج و تکثیر جایگاه­های ریزماهواره از طریق واکنش زنجیره­ای پلیمراز با موفقیت انجام شد و فرآورده­های حاصل روی ژل پلی­آکریل­آمید 8% واسرشته­ساز الکتروفورز شدند. بیشترین فاصله ژنتیکی بین جمعیت شهربابک و صحرای جهاد (56/0) و کمترین آن بین دو جمعیت رفسنجان (11/0) مشاهده گردید. نتایج PCA به بهترین شکل تعداد گروه­های ژنتیکی موجود در مجموعه داده­ها را توجیه کرد و نشان داد که کل نمونه­ها به 3 مولفه اصلی تفکیک شدند. هم­چنین نتایج خوشه­بندی سلسله مراتبی نشان داد که در اولین سطح خوشه­بندی، جمعیت­های شهربابک، رفسنجان 1 و رفسنجان 2 در خوشه مشترکی قرار دارند و جمعیت شمشیرآباد خوشه متمایز دیگری را به خود اختصاص داده است، در حالی­که جمعیت صحرای جهاد در یک خوشه کاملا مستقل قرار گرفته است. در کل نتایج حاصل از این مطالعه نشان دهنده مطابقت خوشه­بندی ژنتیکی جمعیت­ها با فواصل جغرافیایی آنهاست.