بررسی ساختار و لایه بندی جمعیت گاومیشهای اکوتیپ آذری و شمالی با نشانگرهای متراکم چند شکل تک نوکلئوتیدی با استفاده از روشهای Admixture، GC، PCA و MDS
نویسندگان
1 دانشجوی دکتری،گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز
2 دانشیار، گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز
3 استاد، گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز
4 استادیار، گروه علوم دامی،پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران
5 استاد، گروه علوم دامی،پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران
doi
10.22103/jab.2016.1521چکیده
در کاربردهای ژنتیک جمعیت، اختصاص افراد به جمعیتهای مربوط به خود اهمیت دارد. با توسعه تکنولوژی تعیین ژنوتیپ در مقیاس وسیع بسیاری از نشانگرها از جمله اسنیپ ها برای این مطالعات قابل دسترس شدهاند که این اسنیپها در مطالعه تنوع ژنتیکی دامهای اهلی و ساختار جمعیت سودمند هستند. هدف این تحقیق بررسی ساختار و لایهبندی گاومیشهای مناطق مختلف دو اکوتیپ آذری و شمالی با استفاده از دادههای SNPChip 90 با روشهای معمول بررسی ساختار جمعیت بود که برای این منظور تعداد 258 گاومیش از استانهای آذربایجان شرقی، آذربایجان غربی و اردبیل مربوط به اکوتیپ آذری و از استان گیلان مربوط به اکوتیپ شمالی نمونهگیری و تعیین ژنوتیپ شدند. نتایج حاصل از کنترل ژنومیک لایه بندی ضعیفی با =1.056λ نشان داد که حاکی از وجود اختلاط (ساختار ضعیفی) در بین دو اکوتیپ است. پلاتهای حاصل از تجزیه مولفههای اصلی و مقیاس بندی چند بعدی، تفکیک این دو اکوتیپ و استانهای مختلف دو اکوتیپ را براساس فواصل انجام داد. روش Admixture نیز نزدیکی فاصله ژنتیکی افراد استانهای مختلف دو اکوتیپ را نشان داد که البته افراد خالصی هم در این بین وجود داشتند و k=3 خطای اعتبارسنجی پایینی داشت. این روشها قادر به جداسازی کلی حیوانات به تودههای مربوطه بودند و نتایج این تحقیق گویای ارتباط ژنتیکی نزدیک افراد چهار استان مختلف از دو اکوتیپ آذری و شمالی بود