فهرست نشریات علمی دسترسی آزاد ایران

ویروس مسری SARS CoV_2 به سرعت در جهان شیوع پیدا کرد. این ویروس بیش از 550 میلیون نفر را در سراسر جهان آلوده کرده و منجر به مرگ حدود 7 میلیون نفر شده است. در سازوکار تهاجم ویروس، زیرواحد متصل شونده به گیرنده (RBD) از پروتئین Spike نقش مهمی در ورود ویروس به سلول میزبان دارد. در این مطالعه، با توجه به رویکردهای بیوانفورماتیکی، طراحی کاست، سازگاری کدون و پایداری پروتئین و درنهایت صحت سازه طراحی شده با بررسی بیان پروتئینی سنجیده شد. برای افزایش احتمال بیان کاست RBD، کدون‌های ژنی و پارامترهای مختلف بهینه شده و تجزیه و تحلیل ترمودینامیکی ساختار mRNA برای افزایش ثبات انجام گردید. ساختار پروتئین سوم نیز پیش‌بینی شد و کیفیت ساختارها ارزیابی شدند. اپی‌توپ‌های خطی و فضایی تعیین شدند. پروتئین نوترکیب RBD بالاترین شاخص آنتی‌ژنی را نشان داد. شاخص سازگاری کدون پروتئین نوترکیب به 96/0 افزایش یافت. ساختار سوم پیش‌بینی شده بر اساس سرور I_TASSER کیفیت خوبی را نشان داد. تجزیه و تحلیل ترمودینامیکی ساختار mRNA نشان داد که ساختار پیش‌بینی شده پایدار است و اپی‌توپ‌های تطبیقی و خطی در هر سه حوزه پروتئین نوترکیب مشاهده شده است. سپس سازه مورد نظر در میزبان باکتریایی بیان شد. نتایج ایمونوانفورماتیکی و بیان نشان داد سازه نوترکیب طراحی شده آنتی‌ژنیسیته و پتانسیل تولید بالایی دارد و می‌می‌تواند به‌عنوان یک کاندید ایمونوژن علیه ویروس SARS CoV_2 در مطالعات بعدی استفاده شود.