مطالعه پویش ژنومی برپایه آنالیز مسیر جهت شناسایی ژنهای مرتبط با پارامترهای هماتولوژی در گوسفند
نویسندگان
1 گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک، مرکزی، ایران
2 گروه علوم دام و طیور، پردیس ابوریحان، دانشگاه تهران، پاکدشت، ایران.
3 گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ایلام، ایلام، ایران
doi
10.22059/jvr.2022.341417.3255چکیده
زمینۀ مطالعه: گلبولهای قرمز خون نقش اساسی در انتقال اکسیژن و سیستم ایمنی دارند. علاوه براین، پارامترهای هماتولوژی به عنوان یک شاخص کلینیکی مهم برای بیماریهای مختلف، از جمله کمخونی و سندرم متابولیکی میباشند.هدف: مطالعه پویش کل ژنوم بر اساس آنالیز مجموعههای ژنی برای شناسایی جایگاههای ژنی مؤثر بر صفات هماتولوژی با استفاده از آرایههای ژنومی 630K بوده است.روشکار: بدین منظور از اطلاعات رکوردهای فنوتیپی و ژنوتیپی مرتبط با شمارش گلبولهای قرمز (RBC)، هموگلوبین (HGB)، هماتوکریت (HCT)، حجم متوسط گلبول قرمز (MCH)، میانگین غلظت هموگلوبین (MCHC) و توزیع دامنه حجم گلبولهای قرمز (RWD_CV) 498 نمونه از گوسفندان آلپاین مرینو استفاده شد. ابتدا آنالیز پویش کل ژنومی برای صفات هماتولوژی در برنامه TASSEL انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاری biomaRt2 برنامه R ژنهای معنیدار شناسایی گردید. در نهایت تفسیر مجموعه ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه R از طریق پایگاههای GO، KEGG، DAVID و PANTHER انجام شد.نتایج: در مطالعه حاضر تعداد 11 نشانگر تک نوکلئوتیدی واقع روی کروموزومهای 1، 2، 3، 6، 8، 10، 11، 14 و 20 شناسایی شدند که با ژنهای TRPC4، SPTA1، TMCC2 (RBC)، KRT26، GPLD1، EPAS1 (HGB)، RAC2، HSPD1، PDGFRA (HCT) وBBS1، HAG1، PIK3R3، STXBP5، FCER1G (MCH، MCHC، RWD_CV) مرتبط بودند. در تفسیر مجموعه ژنی تعداد 17 مسیر هستیشناسی ژنی و بیوشیمیایی با صفات هماتولوژی شناسایی شد (05/0˂P). مسیرهای شناسایی شده عملکردهای مهمی را در ارتباط با رشد و تفرق گلبولهای قرمز، میزان دسترسی به اکسیژن، فرآیند آداپتاسیون، استرس محیطی، تنظیم سیستم ایمنی و فعالسازی پلاکتها بر عهده داشتند.نتیجهگیری نهایی: با توجه به تأیید نتایج حاصل از مطالعه قبلی در زمینه پویش ژنومی صفات هماتولوژی و شناسایی مناطق ژنومی جدید استفاده از یافتههای مطالعه حاضر میتواند در انتخاب ژنتیکی برنامههای اصلاح نژادی گوسفند مفید باشد.