مطالعه برهمکنش پروتئین تیمیدین کیناز ویروس آبله میمونی با ترکیبات طبیعی با استفاده از داکینگ مولکولی

نویسندگان

1 مرکز تحقیقات بیوشیمی بالینی، پژوهشکده علوم پایه سلامت، دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد، شهرکرد، ایران

doi
10.22034/cmr.2025.2277
چکیده

آبله‌میمونی یک بیماری مشترک بین انسان و حیوان است که در اثر عفونت با ویروس آبله‌میمونی ایجاد میشود. تیمیدین‌کیناز پروتئینی است که توسط ویروس آبله‌میمونی کدگذاری شده و دارای فعالیت‌های فسفریله‌کننده تیمیدین و تیمیدیلات است و در تکثیر DNA ویروسی نقش دارد و می‌تواند یک هدف امیدوارکننده برای درمان آبله‌میمونی باشد. این تحقیق به‌منظور پیش‌بینی و ارزیابی ساختار سه‌بعدی پروتئین تیمیدین‌کیناز در آبله‌میمونی و اثر‌بخشی ترکیبات فنولیک گیاهی بر روی این پروتئین مورد بررسی قرار گرفته است.ساختار سه‌بعدی پروتئین تیمیدین‌کیناز توسط سرورهای Swiss Model و Procheck، به ترتیب، پیش‌بینی و ارزیابی گردید. در روش داکینگ مولکولی، برهمکنش‌های ترکیبات فنولیک گیاهی و داروی استاندارد (گانسیکلوویر) در مدل پیش‌بینی‌شده تیمیدین‌کیناز با استفاده از نرم‌افزاز 2014-MOE بررسی گردید. سپس خصوصیات فیزیکوشیمیایی و فعالیت بیولوژی ترکیبات با استفاده از نرم افزارهای Swiss ADME، PASS وSwiss Target Prediction پیش بینی گردید. نتایج همولوژی مدلینگ نشان داد که مدل پیشنهادی دارای کیفیت و پایداری مناسبی می‌باشد و مهم‌ترین پیوند‌های درگیر در اتصال دارو با گیرنده، پیوند هیدروژنی، برهمکنش‌های هیدروفوب و arene-H می‌باشند. بهترین نتایج داکینگ مربوط به ترکیبات caffeic acid، curcumin، gallic acid و rosmarinic acid با داشتن انرژی اتصال قوی (60/15- تا 92/17- کیلو‌کالری برمول) در مقایسه با داروی گانسیکلوویر می‌باشد. بنابراین، پروتئین تیمیدین‌کیناز می‌تواند هدف مناسبی برای طراحی داروهای جدید در برابر آبله‌میمونی باشد و ترکیبات فنولیک گیاهی می‌توانند به عنوان داروهای بالقوه ضد آبله‌میمونی در مطالعات in vitro و in vivo بررسی شوند.