شبیه‌سازی دینامیک مولکولی بررسی اثرات کوپلیمر پلی لاکتیک کو گلایکولیک اسید در نسبت‌های مختلف مونومرها بر ساختار و دینامیک پروتئین p53

نویسندگان

1 هیات علمی دانشگاه علوم پزشکی کرمانشاه

2 گروه نانوبیوتکنولوژی، دانشکده فناوری های نوین، دانشگاه رازی، کرمانشاه، ایران

3 مرکز تحقیقات دارورسانی نانو، پژوهشکده فناوری سلامت، دانشگاه علوم پزشکی کرمانشاه، کرمانشاه، ایران

4 مرکز تحقیقات دارورسانی نانو، پژوهشکده فناوری سلامت، دانشگاه علوم پزشکی کرمانشاه، کرمانشاه، ایران

5 مرکز تحقیقات دارورسانی نانو، پژوهشکده فناوری سلامت، دانشگاه علوم پزشکی کرمانشاه، کرمانشاه، ایران

6 گروه بیوتکنولوژی کشاورزی دانشکده کشاورزی دانشگاه تربیت مدرس. تهران، ایران.

doi
10.22034/cmr.2025.2287
چکیده

جهش و اختلال در عملکرد پروتئین p53 یکی از مهم‌ترین عوامل دخیل در بسیاری از سرطان‌ها است و همین موضوع استفاده از فرم وحشی آن را به عنوان داروی ضد سرطان به صورت رسانش مستقیم پروتئین مورد توجه قرار داده است. بهینه‌سازی حامل‌های مناسب برای استفاده در فرمولاسیون و رسانش داروهای پروتئینی با صرف هزینه و زمان زیادی همراه است. کو‌پلیمر پلی لاکتیک-کو-گلایکولیک اسید به دلیل زیست‌سازگاری بالا یکی از پرکاربرد‌ترین پلیمرهای مورد استفاده در صنایع دارویی است. در این تحقیق با استفاده از روش محاسباتی شبیه‌سازی دینامیک مولکولی برهمکنش این پلیمر با پروتئین p53 به عنوان کاندیدای داروی ضد سرطان مورد بررسی قرار گرفت. در ابتدا سه نوع کوپلیمر پلی لاکتیک-کو-گلایکولیک اسید با نسبت‌های مختلف لاکتیک و گلایکولیک اسید 1به 1، 2به 1 و 1 به 2 بهینه‌سازی و اطلاعات توپولوژی آنها بدست آمد. ساختار مولکولی پروتئین نیز از پایگاه داده RCSB تهیه شد. در نهایت شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با استفاده از نرم‌افزار گرومکس در دمای 300کلوین و فشار 1بار به مدت 100 نانوثانیه انجام شد.نتایج نشان دادند هر سه نوع کوپلیمر به خوبی قادر به برهمکنش با پروتئین هستند. با افزایش میزان گلایکولیک اسید انعطاف پذیری و توانایی برهمکنش پلیمر با پروتئین بیشتر شده است. از طرف دیگر پایداری ساختار دوم پروتئین در حالت استفاده از کوپلیمر با نسبت مولی مساوی از مونومرها بیشتر است. در نهایت نتایج بدست آمده در این تحقیق نشان می‌دهند که پلیمر پلی لاکتیک-کو-گلایکولیک اسید با نسبت‌های مساوی مونومرها می‌تواند به عنوان یک گزینه مناسب به منظور پایدارسازی فرمولاسیون‌های پروتئین p53 استفاده‌شود.