شناسایی ژن های کلیدی دخیل در سرطان پستان سه گانه – منفی به عنوان نشانگر زیستی مستعد با استفاده از آنالیز داده‌های ترانسکریپتومی توالی یابیRNA مبتلایان به سرطان پستان در مقایسه با افراد سالم

نویسندگان

1 گروه ژنتیک، دانشکده علوم، دانشگاه دانش البرز، قزوین، ایران

2 گروه پزشکی مولکولی، انستیتو پاستور ایران

3 گروه ژنتیک، دانشکده علوم، دانشگاه دانش البرز، قزوین، ایران

4 استادیار، گروه ژنتیک، دانشکده علوم، دانشگاه دانش البرز، قزوین، ایران

doi
10.22034/cmr.2024.2214
چکیده

مقدمه: سرطان پستان از نوع سه گانه – منفی نوعی سرطان شایع در جهان است که در بافت پستان رشد میکند. این بیماری تبدیل به بزرگترین مشکل سلامتی انسان در سراسر جهان شده است. بنابراین شناسایی ژن‌های کلیدی درگیر در این بیماری می‌ در تشخیص، پیشآگهی و درمان مفید باشد. هدف تحقیق حاضر شناسایی ژن‌های با اختلاف بیان معنادار موثر بر سرطان پستان سه گانه منفی است که با استفاده از آنالیز داده‌های ترانسکریپتومی توالی یابیRNA مبتلایان به سرطان پستان در مقایسه با افراد سالم انجام گرفت.روش کار: دادههای ترانسکریپتوم تعیین توالی شده با دستگاه Illumina مربوط به سه فرد مبتلا به سرطان پستان از نوع سه گانه- منفی و چهار فرد سالم از پایگاه داده NCBI و SRA جمعآوری شده و پس از کنترل کیفیت خوانشها با استفاده از نرم‌افزار FastQC، همترازی توالیها با ژنوم مرجع با نرمافزار STAR انجام شد. در نهایت، جهت بررسی بیان افتراقی ژنها، از نرم‌افزارهای featureCounts و DESeq2 استفاده شد و ژن‌های با اختلاف بیان معنادار به کمک نمودار Volcano نمایه گردید. نتایج: در این تحقیق، 31 ژن دارای بیان افتراقی با سطح معنی داری p