فهرست نشریات علمی دسترسی آزاد ایران

با پیشرفت‌های سریع در تکنولوژی توالی‌یابی نسل جدید امروزه این تکنیک به ابزاری قدرتمند و کم‌هزینه برای مطالعات در سطح ترنسکریپتوم تبدیل شده است. سرهم‌بندی داده‌های حاصل از توالی‌یابی نسل جدید، به‌صورت de novo باعث شکل‌گیری مسیری نوین در مطالعه و شناخت گونه‌های فاقد ژنوم مرجع گردیده است. با گسترش این تکنولوژی و افزایش روز افزون نرم‌افزارهای سرهم‌بندی، انتخاب مسیر و گزینش نرم‌افزار برتر برای سرهم‌بندی داده‌های حاصل از توالی‌یابی ترنسکریپتوم به عنوان چالشی برای زیست‌شناسان در این زمینه به‌شمار می‌آید. در این پژوهش برای اولین بار داده‌های حاصل از توالی‌یابی ترنسکریپتوم زرین‌گیاه با استفاده از نرم‌افزارهای Oases-velvet، SOAPdenovo-Trans، Trans-ABySS و Trinity به دو صورت مختلف با استفاده از پارامتر K=25 و K=32 به‌منظور دستیابی به مسیر مناسب و نرم‌افزار برتر در این زمینه مورد ارزیابی و آنالیز قرار گرفت. نتایج حاصل از سرهم‌بندی براساس معیارهای متعددی مقایسه شده که گویای برتری Trinity و Trans-ABySSمی‌باشد، در پایان خروجی حاصل از بهترین سرهم‌بندی به منظور بررسی فراوانی ایزوفرم‌های مختلف و آنالیز هستی‌شناسی (Gene Ontology) مورد ارزیابی قرار گرفت. باتوجه به دارویی بودن این گیاه و بالا بودن متابولیت‌های ثانویه آن، بیشترین فراوانی در بخش فرایندهای زیستی، مربوط به فعالیت‌های متابولیتی گزارش شد.