بررسی محتوای اسیدآمینه ای، ساختار و ارتباطات فیلوژنتیکی توکسین های دیس‎اینتگرین گونه‌های مار افعی

نویسندگان

1 گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران

2 گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران

doi
چکیده

سموم حیوانات حاوی توکسین‌های متعدد با فعالیت‌های فیزیولوژیک مختلف می‌باشند که مشکلاتی همچون واکنش‌های آلرژیک، لخته شدن خون، نکروز، ایست تنفسی ایجاد می‌نمایند. با این حال بررسی‌ها نشان داده است که این سموم می‌توانند به عنوان دارو برای درمان بسیاری از بیماری‌ها مانند سرطان مورد استفاده قرار گیرند. این مولکول‌های زیستی می‌توانند سبب مهار یک پروتئین سلولی، القا آپوپتوز و فرآیندهای دیگر شوند. دیس‌اینتگرین‌ها، یک خانواده از پروتئین‌های کوچک هستند که از سم گونه‌های مار افعی به دست می‌آیند. بررسی‌ها نشان داده است این پپتیدها با ایجاد تداخل در مسیرهای پیام رسانی داخل سلولی می‌توانند فعالیت‌های ضدسرطانی ایفا کنند. در این تحقیق محتوای اسیدآمینه و ساختار توکسین‌های دیس‌اینتگرین به دست آمده از سم گونه‌های مار افعی بررسی شده و ارتباط فیلوژنتیکی آن‌ها ترسیم گردید. جهت بررسی محتوای اسیدآمینه‌ای این توکسین‌ها؛ توالی‌های پروتئینی پپتید مورد نظر، از پایگاه اطلاعاتی NCBI دریافت شد. بررسی‌های مقایسه‎ای این توالی‌ها و رسم درخت فیلوژنتیکی آن‌ها توسط نرم افزار MEGA6صورت گرفت. سپس ساختار تعدادی از این پپتیدها با استفاده از نرم‌افزار Modeller شبیه سازی و با استفاده از نرم‌افزار SPDBV آنالیز شدند. بررسی توالی و محتوای اسیدآمینه‌ای این پپتیدها، منجر به شناسایی ریشه‌های حفاظت شده و مهم در تشکیل ساختار و عملکرد آن‌ها شد. آنالیزهای فیلوژنتیکی نشان داد که دیس‌اینتگرین‌های مورد بررسی را می‌توان در سه گروه تکاملی تقسیم‌بندی نمود. بررسی‌های ساختاری پپتیدهای این سه گروه نیز نشان داد که دیس‌اینتگرین‌های دو گروه با جد تکاملی نزدیکتر، دارای شباهت ساختاری قابل توجهی هستند که تایید کننده‌ی نتایج به دست آمده از بررسی‌های فیلوژنتیکی است.