فهرست نشریات علمی دسترسی آزاد ایران

تابع نیروی دانش‌پایه نوعی از توابع نمره‌دهی می‌باشد که از آن در زمینه تشخیص فولد پروتئین‌ها با موفقیت قابل توجهی استفاده شده است. ما در این مطالعه کارایی نوعی تابع انرژی دانش‌پایه و تابع نیروی هم ارز آن را در تشخیص کمپلکس‌های درست پروتئین-پروتئین از کمپلکس‌های نادرست، با یکدیگر مقایسه کردیم. مقدار نیروی کل که از یک جزء کمپلکس (گیرنده/لیگاند) بر جزء دیگر وارد می‌شود به عنوان معیار پایداری کمپلکس، مورد استفاده قرار گرفت. چنین انتظار می‌رود که این نیرو در ساختار طبیعی کمترین مقدار را داشته باشد. جهت ارزیابی کارایی هر روش، دو مجموعه مورد استفاده قرار گرفت که یکی از آنها با الگوریتم داکینگ جسم نرم و دیگری با الگوریتم داکینگ جسم سخت ایجاد شده بودند. نتایج حاصل از این مقایسه نشان می‌دهد نرخ موفقیت مدل انرژی در انتخاب ساختار‌های طبیعی و نزدیک به طبیعی بالاتر از روش نیرو می‌باشد. ظاهرا وابستگی مقدار نیرو به شکل ناحیه اتصال کمپلکس‌ها باعث ایجاد خطاهایی در مدل نیرو شده که سبب نامناسب گردیدن آن در نمره‌دهی کمپلکس‌های داک شده می‌شود.