پویش کل ژنومی و تجزیه و تحلیل غنی‌سازی مجموعه‌های ژنی مرتبط با صفات پشم در گوسفندان نژاد زندی

نویسندگان

1 استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران.

2 استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ایلام، ایلام، ایران.

3 استادیار گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی کرج، دانشگاه تهران. کرج، ایران.

doi
10.22059/jap.2023.357327.623738
چکیده

هدف پژوهش حاضر، شناسایی مناطق ژنومی و ژن­های کاندیدای مرتبط با صفات پشم از طریق پویش ژنومی برپایه آنالیز مسیر در گوسفند نژاد زندی بود. بدین منظور 96 رأس گوسفند با استفاده از آرایه­های 50K تعیین ژنوتیپ شدند و برای هر دام رکوردهای فنوتیپی شامل میانگین قطر الیاف، ضریب تغییرات قطر الیاف، نسبت الیافی که مساوی یا بیش‌تر از 30 میکرومتر قطر الیاف، طول استاپل، نسبت کمپ و نسبت مو در الیاف اندازه‌گیری شد. ارزیابی پویش ژنومی برای صفات در نرم­ا­فزار GEMMA انجام شد، سپس با استفاده از بسته نرم­افزاری biomaRt2 ژن­های معنی­داری که در داخل و یا 50 کیلوباز بالا و پایین‌دست نشانگرهای معنی­دار قرار داشتند، شناسایی گردید. در نهایت، آنالیز غنی­سازی مجموعه­های ژنی به‌وسیله برنامه برخط KOBAS با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن­های کاندیدا انجام شد. در این پژوهش ژن­های مرتبط با صفات قطر الیاف CEP290)، PRKCZ، TMTC3، RHPN2 و TNFSF4)، طول استاپل (NLGN1، SPHKAP و PLCE1) و نسبت کمپ و مو (FAT1 و PIK3R4) شناسایی شدند. در تحلیل غنی­سازی مجموعه­های ژنی، تعداد 21 مسیر با صفات پشم شناسایی شدند. از بین مسیرهای زیستی شناسایی‌شده نقش مهمی در رشد و توسعه فولیکول­های مو، تولید کراتینوسیت­ها، رشد و توسعه اپیدرمال، سنتز آنزیم­های تروئونین کینازها و مسیر سیگنال­دهی  Wntداشتند. با توجه به تأیید نتایج قبلی و شناسایی ژن‌های کاندیدای جدید با عملکرد مولکولی مرتبط با صفات الیاف پشم، نتایج این پژوهش می­تواند در درک سازوکار ژنتیکی کنترل کننده صفات پشم مورد استفاده قرار گیرد و در انتخاب ژنتیکی گوسفند از طریق کیفیت بالاتر پشم مفید باشد.