بررسی پروفایل بیانی miRNAهای اگزوزومی در سلول‌های سرطانی سرویکس (HeLa) در مقایسه با سلول‌های سالم و بررسی ژن‌های کلیدی وابسته به آنها

نویسندگان

1 کارشناس ارشد سلولی و مولکولی، گروه ژنتیک، دانشکده علوم پایه، دانشگاه شهرکرد، شهرکرد، ایران.

2 استادیار گروه علوم کامپیوتر، دانشکده علوم ریاضی، دانشگاه شهرکرد، شهرکرد، ایران.

3 دانشیار، گروه ژنتیک، دانشکده علوم پایه، دانشگاه شهرکرد، شهرکرد، ایران.

doi
10.22038/ijogi.2023.23399
چکیده

مقدمه: سرطان سرویکس، چهارمین سرطان شایع در میان زنان در سرتاسر جهان و یک بیماری هتروژن می ­باشد. miRNAهای اگزوزومی می ­توانند به‌عنوان بیومارکرهای تشخیصی و یا اهداف درمانی در سرطان سرویکس در نظر گرفته شوند. مطالعه حاضر با هدف استفاده از آنالیزهای بیوانفورماتیکی برای شناسایی miRNA ها، ژن­ها و مسیرهای مربوط به آنها در اگزوزوم­ های مشتق شده از سلول سرطانی سرویکس انجام شد. روش‌کار: در این مطالعه، بیان miRNAها و mRNAهای اگزوزومی در سلول­ های هلا و سالم با آنالیز داده‌های به‌دست آمده از پایگاه GEO برای miR-seq و RNA-seq در نرم‌افزار  R(نسخه 4.2.1) بررسی شد. پس از آن ژن‌های مشترک میان هدف ­های miRNA و mRNA با بیان کاهشی یا افزایشی، از اگززوم ­ها انتخاب شدند و سپس آنالیزهای GO و مسیرهای KEGG انجام شد. در پایان، ژن­ های مشترک برای ایجاد شبکه میانکنش پروتئین-پروتئین و انتخاب ژن­ های کلیدی مورد استفاده قرار گرفتند. یافته ­ها: در مطالعه حاضر، 31 miRNA با افزایش بیان و 16 miRNA با کاهش بیان در اگزوزوم ­ها مشاهده شد. همچنین 341 ژن مشترک از هدف­ های miRNA و RNA-seq برای آنالیزهای بعدی انتخاب شدند. آنالیز GO نشان داد که ژن­ های مشترک به‌طور معناداری در انتقال لوسین، فعالیت فسفاتازی MAP کیناز و انتقال گلوتامین نقش دارند. آنالیز KEGG نیز پیش­ بینی کرد که ژن­ها در پیری سلولی، مسیر پیام رسانی p53 و سیکل سلولی به‌صورت معناداری نقش دارند. 10 ژن کلیدی شامل CCNB1، BUB1، KIF20A،MKI67، FOXM1، BIRC5، NCAPH، ZWINT، GINS2 و ASF1B از شبکه میانکنش پروتئین-پروتئین شناسایی شدند. نتیجه ­گیری: نتایج شامل شناسایی miRNAهای با تغییر بیان و مشخص کردن ژن­ های کلیدی در اگزوزوم­ های مشتق شده از سلول­ های سرطانی سرویکس بود. این مطالعه می ­تواند دیدگاه جدیدی را برای تعیین مکانیسم های بالقوه همراه با اگزوزوم­ های مشتق شده از سلول­ های سرطانی در پیشرفت سرطان سرویکس ارائه کند.