تحلیل جامع ژنومی به منظور شناسایی دقیق گونه‌های Cytospora: یافته‌های مبتنی بر نواحی ژنی ITS، TUB، RPB2 و ACT

نویسندگان

1 Assistant Professor of Department of Plant Protection, Faculty of Agriculture, Ilam University, Ilam, Iran

2 دانشجوی دکتری گروه گیاه‌پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید چمران اهواز، اهواز، ایران

doi
10.22034/ijpp.2025.2021862.492
چکیده

شناسایی و طبقه‌بندی گونه‌های Cytospora به‌دلیل محدودیت روش‌های مورفولوژیکی سنتی همواره با چالش همراه بوده است. بررسی ویژگی‌های ژنتیکی این قارچ‌ها می‌تواند راهکار مؤثری برای شناسایی دقیق‌تر و بازنگری در رده‌بندی آن‌ها فراهم کند. در این پژوهش، به‌منظور بررسی روابط فیلوژنتیکی میان گونه‌های مختلف Cytospora، چهار ناحیه ژنی ITS، ACT، TUB و RPB2 مورد مطالعه قرار گرفت.در ناحیه ITS، تعداد ۶۸ کلاد شناسایی شد و این بخش تنها قادر بود ۴۳ درصد از گونه‌های بررسی‌شده را از یکدیگر متمایز سازد. در این ناحیه، یک کلاد پایه‌ای شامل C. valsoide مشاهده شد. ناحیه ACT شامل ۴۵ کلاد بود و توانست ۵۳ درصد از گونه‌ها را تفکیک کند. این ناحیه برای گونه‌هایی مانند C. populinopsis، C. japonica و C. leucostoma مقادیر بوت‌استرپ بالاتری نشان داد. ناحیه TUB دقت بیشتری داشت و با ۳۴ کلاد، ۷۶ درصد از گونه‌ها را از هم جدا کرد. مقادیر بوت‌استرپ بالا در این بخش برای C. chrysosperma، C. davidiana و C. brevispora مشاهده شد. ناحیه RPB2 نیز با ۶۳ کلاد، ۸۰ درصد از گونه‌های بررسی‌شده را به‌خوبی از یکدیگر تمایز داد و گونه‌های دارای چندین توالی ثبت شده ، خوشه‌های منسجم با بوت‌استرپ بالا تشکیل دادند.ترکیب نواحی ژنی نتایج دقیق‌تری به‌همراه داشت. در ترکیب‌های ITS+ACT، ITS+RPB2، ITS+TUB، ITS+ACT+TUB و ITS+TUB+RPB2+ACT به‌ترتیب ۹۷، ۹۷، ۱۰۰، ۱۱۶ و ۱۲۵ گونه از مجموع ۱۳۷ گونه از هم متمایز شدند. نتایج نشان می‌دهد استفاده از چند ناحیه ژنی برای شناسایی گونه‌های Cytospora دقت بالاتری ایجاد می‌کند. در میان نواحی مورد بررسی، ژن‌های RPB2 و TUB بیشترین کارایی را داشتند