بررسی الگوی ترجیح کدونی و ارتباط آن با ژنهایی با بیان متفاوت در بین دو جمعیت گاوهای خالص و آمیخته سیستانی و مونتبیلیارد
نویسندگان
1 دانشجوی دکتری، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران
2 دانشیار ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل
3 استادیار،بخش پژوهشهای بیوتکنولوژی،موسسه تحقیقات علوم دامی کشور،سازمان تحقیقات،آموزش و ترویج کشاورزی،کرج،ایران
4 دانشیار، گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی،دانشگاه زابل،زابل،ایران
doi
10.22059/jap.2020.292780.623470چکیده
هدف از پژوهش حاضر، بررسی الگوی ترجیح کدونی و ارتباط آنها با بیان ژن برای ژنهای با بیان متفاوت در بین نژادهای خالص و آمیخته سیستانی و مونتبیلیارد بود. در این مطالعه، از نتایج تجزیه بیان ژن افتراقی با استفاده از فنآوری RNA-Seq مربوط به نژادهای خالص و آمیخته سیستانی و مونتبیلیارد (دو تیمار و هر تیمار دو تکرار بیولوژیک) استفاده شد. به همین منظور پس از تعیین نواحی ORF برای این ژنها، از نرمافزار CodonW جهت برآورد شاخصهای الگوی ترجیح کدونی ازجمله CAI، ENC، GC و GC3s استفاده شد. تجزیه ترجیح کدونی برای نواحی ORF ژنهای با بیان متفاوت، وجود همبستگی بالا و معنیداری (0/74) بین مقادیر شاخص GC کل و GC3s نشان داد. همچنین همبستگی بالا و معنیداری بین مقادیر ENC با GC کل و GC3sTو (0/65و0/77) مشاهده شد که نشاندهندهی نقش جهش در شکلگیری کدونها میباشد. بر اساس نتایج بدست آمده در این پژوهش، عواملی ازجمله مقدار GC، جهش و سطح بیان ژن نقش مهمی در شکلگیری کدونها در ژنهای موردمطالعه در این تحقیق داشتند. این مطالعه اولین مقایسه بین گاوهای خالص و آمیخته سیستانی و مونتبیلیارد میباشد که به درک بهتر ساز وکارهای تکاملی شکلگیری الگوی ترجیح کدونی و نیز بررسی ارتباط آن با بیان ژن کمک میکند.
