شناسایی جایگاههای ژنومی مرتبط با چندقلوزایی تحت انتخاب بین نژادهای گوسفندان بومی ایران و گوسفند نژاد رومانوف با عملکرد تولیدمثلی بالا
نویسندگان
1 گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تهران، کرج. ایران
2 گروه علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران. کرج. ایران
3 گروه علوم دامی دانشکده کشاورزی، دانشگاه ارومیه، ارومیه، ایران.
4 گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی ، دانشگاه تهران، کرج. ایران
doi
10.22059/ijas.2024.369473.653982چکیده
به منظور شناسایی ژنهای مرتبط با عملکرد تولیدمثلی تحت انتخاب بین نژادهای گوسفندان بومی ایران و نژاد رومانوف روسی از اطلاعات ژنومی 233 رأس گوسفند استفاده شد. دادههای مربوط به گوسفندان نژاد رومانوف از پایگاه اطلاعاتی iSheep و اطلاعات ژنومی گوسفندان ایرانی از پایگاه اطلاعاتی به آدرس https://disk.yandex.ru/d/3N2wEv0-9_NL0w، تهیه شدند. کنترل کیفی و غربالگری دادهها، آنالیز شاخص تمایز ژنتیکی(FST) و آنالیز مولفههای اصلی (PCA) جهت تعیین گروههای ژنتیکی با استفاده از نرم افزار PLINK1.9، صورت گرفت. متعاقب غربالگری نهایی صورت گرفته، اطلاعات ژنومی تعداد 488752 نشانگر SNP مشترک مربوط به کروموزومهای بدنی تعداد 79 رأس از نژاد رومانوف در مقابل تعداد 120 رأس مربوط به 9 نژاد از جمعیتهای دامی ایرانی برای جستجوی نشانههای انتخاب، مورد استفاده قرار گرفت. از برآوردگر نااریب FST (θ) و آمارهی XPEHH جهت کاوش نشانههای انتخاب مورد استفاده قرار گرفتند. استخراج ژنهای مرتبط با مناطق ژنومی تحت انتخاب توسط پایگاه اطلاعاتی آنلاین BIOMART با انطباق روی ژنوم گوسفند (Oar_v3.1) انجام شد. تعداد 489 ژن مرتبط با مناطق ژنومی تحت انتخاب (معادل 1/0 درصد کل نشانگرهای مورد مطالعه) شناسایی شدند. بررسی مناطق ژنومی تحت انتخاب نشان داد، از میان 489 ژن شناسایی شده مرتبط با تفاوتهای موجود بین دو گروه مورد مطالعه، تعداد 7 ژن درگیر در مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با سنتز استروئید و استروئیدوژنز تخمدان بودند که بهعنوان موارد تحت انتخاب مرتبط با صفت چندقلوزایی، شناسایی شدند. شناسایی این مسیرهای بیولوژیکی و تلفیق آن با سایر اطلاعات مرتبط با صفت چندقلوزایی میتواند در طراحی برنامههای اصلاح نژادی جهت بهبود عملکرد تولیدمثلی، موثر باشد.