مطالعه ارتباط ژنومی برای شناسایی ژن‌های کاندیدا در مراحل اولیه رشد در مرغ

نویسندگان

1 گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران

2 گروه علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشگاه تربیت مدرس تهران ایران

3 گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران

4 گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران

doi
10.22059/ijas.2024.372924.654003
چکیده

تاکنون روش­های متعددی برای شناسایی فاکتورهای ژنتیکی مؤثر بر صفات پلی­ژنیک مورداستفاده قرارگرفته است. روش‌های رایج استفاده‌شده شامل آنالیز رگرسیونی مبتنی بر حداقل مربعات، آنالیز رگرسیونی مبتنی بر حداکثر درست نمایی و روش‌های بیزی می‌باشد. از برتری روش‌های بیزین نسبت به سایر روش‌ها می‌توان به امکان استفاده هم‌زمان از کل مارکرها در مدل اشاره نمود که منجر به جلوگیری از بیش برآورد اثرات نشانگرها شده و احتمال شناسایی SNPهای مثبت واقعی را افزایش می‌دهد. ازاین‌رو، در مطالعه حاضر برای شناسایی SNPهای مرتبط با وزن بدن در سنین اولیه (2 هفتگی)، در یک جمعیت F2 از مرغان آمیخته، از روش بیز Cpi استفاده شد. سپس، برای تعیین ژنوتیپ جمعیت حاضر شامل 312 مرغ F2، چیپ‌های تجاریIllumina 60K  استفاده گردید. درنهایت، 16 مارکر SNP که دارای فاکتور بیز بین 20 تا 150 بودند، به‌عنوان مارکرهای پیشنهادی برای وزن بدن در این سن در نظر گرفته شد. این SNPها بر روی 4 کروموزوم توزیع‌شده‌اند و به‌صورت سببی و یا به‌واسطه وجود عدم تعادل پیوستگی با 16 ژن ارتباط نزدیک دارند. از ژن­های شناسایی‌شده 12 ژن، کد کننده پروتئین و 4 ژن RNA غیرکدکننده می‌باشند. برای شناسایی ژن‌های مرتبط با هر SNP در مناطق کاندیدا، Mb 5/0 اطراف هر SNP معنی­دار در نظر گرفته شد.