مطالعه بیان افتراقی ژنهای مرتبط با باروری در بافت جسم زرد گاو نژاد هلشتاین با استفاده از دادههای RNA-Seq
نویسندگان
1 گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران
2 گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران
3 گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران
doi
10.22059/ijas.2022.344531.653893چکیده
صفت باروری بعنوان عامل اصلی برای تداوم سودآوری در مزارع گاو شیرده محسوب میشود. پژوهش حاضر، به منظور تعیین ژنهای بیان شده افتراقی در باروری گاو نژاد هلشتاین با استفاده از دادههای ترانسکریپتوم صورت گرفت. بدین منظور، در مجموع نمونه بافت جسم زرد 18 رأس گاو نژاد هلشتاین با نوبت زایش 2 به بالا که بهصورت ترکیب شد(Pooling) در دو گروه با باروری زیاد و باروری کم هر کدام در سه تکرار بیولوژیک تقسیمبندی شده بودند استفاده شد. تمامی مراحل آمادهسازی توالیهای خام و تجزیه و تحلیل آنها در پلتفرم گالاکسی نسخه 01/22 انجام شد و متعاقباً، هستیشناسی ژن با استفاده از پایگاه داده DAVID نسخه 2021 صورت پذیرفت. در نهایت، نتایج آنالیز بیان افتراقی ژن در بافت جسم زرد نشان داد که از 13049 رونوشت ترانسکریپتومی بیان شده، 19 ژن بهعنوان ترانسکریپتومهای شاخص عمل کردهاند (q- value≤0.05). همچنین، ژنهای UBE3B، NIF3L1 و ORC2 سه ژن شاخص عملکردی بودند که مقدار بیان بیشتری در جسم زرد گاوهای با باروری زیاد داشتند. ژن UBE3B در فرآیندهای بیولوژیک بهعنوان پروتئین درگیر در فرآیند کاتابولیک پروتئین وابسته به یوبیکوئیتین است. در جهت تفسیر بیشتر نتایج، ژن NIF3L1 در فرایند بیولوژیک تمایز نورون، تنظیم مثبت رونویسی، الگوی DNA، تنظیم منفی رونویسی با الگوی اسید نوکلئیک، نقش دارد. همچنین، ژن ORC2 در فرایند بیولوژیک همانندسازی DNA نقش بازی میکند. ژنهای KRT8، PHLDB3، PPT2، LOC787628، PPYR1، TOX، TP73، DHX8، KCNN1، CLEC6A، PXMP4، LRRC26، SLC34A3 و OR13C7 در گاوهای با باروری کم، مقدار بیان بیشتری در جسم زرد نشان داده است. سه ژن PPT2، PPYR1 و CLEC6A جزو ژنهای شاخص محسوب میشوند. به عنوان نتیجه گیری کلی، جایگاههای UBE3B، NIF3L1 و ORC2 که مقدار بیان بیشتری در جسم زرد گاوهای با باروری زیاد داشتند میتوانند بعنوان ژنهای شاخص عملکردی در انتخاب ژنتیکی گاوهای شیری مورد استفاده قرار گیرند.