شناسایی چندشکلیهای تکنوکلئوتیدی در ژنوم اکوتیپهای مرغ شاخدار ایران برای مطالعه روابط فیلوژنتیکی و میزان همخونی
نویسندگان
1 دانشآموخته دکتری، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران
2 دانشآموخته دکتری تخصصی زیستفناوری، پژوهشکده زیست فناوری، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران
3 دانشآموخته کارشناسی ارشد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران
4 استاد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران
5 دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران
doi
10.22059/ijas.2021.322297.653823چکیده
هدف از انجام این پژوهش شناسایی چندشکلیهای تکنوکلئوتیدی به منظور بررسی روابط فیلوژنتیکی اکوتیپهای مختلف مرغ گینهای (مرغ شاخدار) در ایران میباشد. دادههای ژنومی 18 قطعه مرغ گینهای مربوط به شش اکوتیپ مختلف ایران، شامل اکوتیپهای تبریز (آبی و خاکستری)، رشت، تبریز (سفید)، تلاقی رشت و تبریز (آبی و خاکستری)، شیراز و لار تهیه شد. توالییابی کل ژنوم نمونههای مرغ گینهای به صورتPaired-End با طول خوانش 125 جفت باز انجام شد. واکاوی فیلوژنی بر پایه روشهای اتصال مجاورین و حداکثر درست نمایی انجام شد. میزان همخونی ژنومی با نرم افزار PLINK برای اکوتیپها با طولهای مختلف از ژنوم برای شناسایی قطعات هموزایگوس به کار گرفته شد. تعداد 48/14 میلیون چندشکلی تکنوکلئوتیدی شناسایی شد. نتایج واکاوی فیلوژنتیکی با استفاده از هر دو روش نشان داد که دو اکوتیپ شیراز و لار بیشترین مشابهت ژنتیکی را دارند و سایر اکوتیپها در گروههای جداگانهای قرار میگیرند. نتایج همخونی در سطح ژنوم نشان داد که اکوتیپ تبریز (سفید) دارای بیشترین و اکوتیپ تبریز (آبی و خاکستری) دارای کمترین میزان همخونی هستند. نتایج این پژوهش میتواند درک بهتری را از ساختار ژنتیکی اکوتیپهای مرغان شاخدار برای توسعه برنامههای بهنژادی ارایه نماید.
