مقایسه پروفایل بیان افتراقی ژنهای کاندیدا مرتبط با صفت باروری در گاوهای هلشتاین با استفاده از دیدگاه ترانسکریپتوم و مبتنی بر فناوری RNA-Seq
نویسندگان
1 محقق، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و علوم محیط زیست، دانشگاه جورجیا، جورجیا، ایالات متحده آمریکا
2 استادیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران.
3 استاد، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران
4 دانشجوی دکتری تخصصی، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران
5 دانشیار، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران.
6 دانشآموخته دکتری، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران
doi
10.22059/ijas.2021.322630.653824چکیده
انتخاب ژنتیکی برای افزایش تولید شیر و سودآوری اقتصادی در صنعت گاوهای شیری با کاهش عملکرد تولیدمثلی از جمله کاهش زندهمانی رویان و افزایش از دست رفتن آبستنی همراه بوده است. در پژوهش حاضر، هدف اصلی، استفاده از پروفایل ترانسکریپتوم بافت آندومتریوم و جسم زرد دو دسته از گاوهای شیری هلشتاین با باروری بالا و پایین، به منظور شناسایی ژنهای مؤثر در حفظ باروری بهویژه اوایل دوره آبستنی است. در تجزیه دادههای RNA-Seq برای مقایسه بیان ژنی، 4538 ژن استخراج شد که در مجموع 1466 ژن تفاوت بیانی معنیداری نشان دادند (P<0.000001, Fold change<0.5). سپس با مقایسه ژنهای مربوطه در میان پروفایلهای ترانسکریپتوم، ژنهای مشترک بین بافت آندومتریوم (روزهای هفت و 13 چرخه فحلی) و جسم زرد (در روز 13 چرخه فحلی) شامل ژنهای SYNM، PARM1، NXPE2، NT5DC3، COL4A3، COL12A1، ALPK3، ADAMDEC1، SERPINA14، S100A9، PI16، OAS1X، MSTN، MASP1، CD83، CA2، C2، C5، JSP.1 و SAA3 مشخص شدند. بررسی نتایج حاشیهنویسی این ژنها ثابت کرد که در فرآیند اصلی مسیرهای متابولیک و سیگنالینگ مرتبط با سیستم حملونقل یونی، التهاب، عملکرد سیستم ایمنی بدن و ساختار ماتریس سلولی دارای نقش میباشند. پژوهش حاضر میتواند بینش جدیدی از شواهد مولکولی در راستای سازوکارهای زیستی پروفایل ترانسکریپتوم در محیط رحم و بیومارکرهای مرتبط با باروری در گاوهای شیری ارائه دهد.
