جستجوی نشانه‌های انتخاب بین گاومیش‌های آذری و مازندرانی با استفاده از نشانگرهای SNP با تراکم زیاد

نویسندگان

1 استاد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران

2 استادیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران

3 استادیار گروه علوم دامی دانشگاه ارومیه، ارومیه، ایران.

4 دانشیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران

5 استادیار، مؤسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران

doi
10.22059/ijas.2017.228562.653514
چکیده

به­منظور یافتن نشانه­های انتخاب بر روی ژنوم گاومیش از 287 رأس گاومیش رودخانه­ای شامل 260 رأس آذری و 27 رأس مازندرانی استفاده شد. ژنوتیپ نمونه­ها به­وسیله­ آرایه­های ژنومی Axiom® Buffalo Genotyping 90K تعیین شد و برآوردگر نااریب FST (θ) برای یافتن نشانه­های انتخاب مورد استفاده قرار گرفت. در مجموع 14 منطقه که نشانگرهای SNP آن­ها بالاتر از 1/0 درصد حد بالای توزیع تجربی FST بودند، به­عنوان نشانه­های انتخاب شناسایی شدند. بعد از انطباق مناطق ژنومی انتخاب شده با مناطق­ژنومی متناظر آن روی ژنوم گاو (UMD3.1 Bos Taurus Genome)، 105 ژن و 28 QTL شناسایی شد. از مجموع 105 ژن شناسایی شده در مناطق ژنومی تحت­ انتخاب، 27 ژن مربوط به گیرنده­های بویایی بودند. همچنین یک­سری از ژن­های شناسایی شده در رشد و توسعه بافت­های بدنی، مرگ­و­میر سلولی، سیستم ایمنی بدن و توسعه بافت­های پستانی نقش دارند. بررسی­ها هم­چنین نشان داد که QTL­های شناسایی شده در این مطالعه عمدتاً با صفات مربوط به رشد از قبیل وزن بدن در تولد، شیرگیری و بلوغ، چربی زیرپوستی، تولید گوشت لخم و وزن لاشه ارتباط دارد. QTL­های مرتبط با تولید شیر، فقط با کیفیت شیر و تعداد سلول­های شیر ارتباط دارند. در هر صورت، توصیه می­شود جهت شناسایی نقش دقیق این ژن­ها و QTL­ها بایستی مطالعات ارتباطی انجام گیرد.