جستجوی نشانههای انتخاب بین گاومیشهای آذری و مازندرانی با استفاده از نشانگرهای SNP با تراکم زیاد
نویسندگان
1 استاد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران
2 استادیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران
3 استادیار گروه علوم دامی دانشگاه ارومیه، ارومیه، ایران.
4 دانشیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران
5 استادیار، مؤسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران
doi
10.22059/ijas.2017.228562.653514چکیده
بهمنظور یافتن نشانههای انتخاب بر روی ژنوم گاومیش از 287 رأس گاومیش رودخانهای شامل 260 رأس آذری و 27 رأس مازندرانی استفاده شد. ژنوتیپ نمونهها بهوسیله آرایههای ژنومی Axiom® Buffalo Genotyping 90K تعیین شد و برآوردگر نااریب FST (θ) برای یافتن نشانههای انتخاب مورد استفاده قرار گرفت. در مجموع 14 منطقه که نشانگرهای SNP آنها بالاتر از 1/0 درصد حد بالای توزیع تجربی FST بودند، بهعنوان نشانههای انتخاب شناسایی شدند. بعد از انطباق مناطق ژنومی انتخاب شده با مناطقژنومی متناظر آن روی ژنوم گاو (UMD3.1 Bos Taurus Genome)، 105 ژن و 28 QTL شناسایی شد. از مجموع 105 ژن شناسایی شده در مناطق ژنومی تحت انتخاب، 27 ژن مربوط به گیرندههای بویایی بودند. همچنین یکسری از ژنهای شناسایی شده در رشد و توسعه بافتهای بدنی، مرگومیر سلولی، سیستم ایمنی بدن و توسعه بافتهای پستانی نقش دارند. بررسیها همچنین نشان داد که QTLهای شناسایی شده در این مطالعه عمدتاً با صفات مربوط به رشد از قبیل وزن بدن در تولد، شیرگیری و بلوغ، چربی زیرپوستی، تولید گوشت لخم و وزن لاشه ارتباط دارد. QTLهای مرتبط با تولید شیر، فقط با کیفیت شیر و تعداد سلولهای شیر ارتباط دارند. در هر صورت، توصیه میشود جهت شناسایی نقش دقیق این ژنها و QTLها بایستی مطالعات ارتباطی انجام گیرد.