تخمین نرخ همخونی با استفاده از رشتههای هموزیگوت ژنومی و بررسی روند تکاملی اندازه مؤثر جمعیت در برخی از نژادهای اسب آسیایی
نویسندگان
1 استادیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران
2 استادیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران
doi
10.22059/ijas.2018.259709.653646چکیده
هدف از این تحقیق محاسبه همخونی با استفاده از رشتههای هموزیگوت ژنومی و بررسی روند تکاملی اندازه مؤثر جمعیت (Ne) در برخی از نژادهای اسب آسیایی بود. به این منظور از اطلاعات ژنومی مجموع 99 نمونه حیوان شامل 19، 24، 18، 19 و 19 نمونه بهترتیب از نژادهای آخالتکه، عرب، کاسپین، مغولی و تروبرد استفاده شد که با بهکارگیری آرایههای Illumina SNP50K Beadchip تعیین ژنوتیپ شدهاند. این تحقیق با همکاری کنسرسیوم تنوع ژنتیکی اسب (EGDC) انجام شد. ضریب همخونی با استفاده از روش FROH بر پایه رشتههای هموزیگوت ژنومی (ROH) و اندازه مؤثر با بهکارگیری اطلاعات عدم تعادل پیوستگی در طی 5 تا 1000 نسل قبل محاسبه شد. نتایج آنالیز مؤلفههای اصلی (PCA) نشان داد که تمام نژادها با استفاده از دو مؤلفه اول از همدیگر مجزا میشوند. میانگین هتروزیگوسیتی مورد انتظار و مشاهدهشده در نژادهای مختلف بهترتیب در دامنه 294/0-278/0 و 308/0-278/0 بود. محاسبه ضریب همخونی بر پایه اطلاعات ژنومی نشان داد که مقادیر محاسبه شده بین 003/0 (نژاد مغولی) و 166/0 (نژاد تروبرد آمریکایی) در نوسان میباشد. نتایج حاصل از محاسبه اندازه مؤثر در نژادهای مختلف، نشاندهنده روند کاهش تدریجی Ne در طی 1000 سال گذشته تاکنون با یک شیب کاهشی زیاد در حدود 100 نسل قبل برای تمام نژادها بود. بیشترین Ne در نسلهای حاضر (5 نسل قبل) در نژاد عرب (53 رأس) و کمترین در نژادهای کاسپین و تروبرد (33-34 رأس) مشاهده شد. در مجموع، نتایج این تحقیق نشان داد که در بین نژادهای آسیایی، نژاد اسب کاسپین با وجود تنوع ژنتیکی مناسب و ضریب همخونی پایین، اندازه مؤثر آن نسبت به سایر نژادهای مورد مطالعه در این تحقیق کمتر میباشد که طراحی برنامههای مناسب برای حفاظت از حیوانات خالص باقیمانده این نژاد بومی کشور ضروری است.