فهرست نشریات علمی دسترسی آزاد ایران

انتخاب ژنگانی (ژنومی) با بهره‌گیری از مستندسازی (ایمپیوتیشن) می‌تواند نقش مهمی در افزایش بهره‌وری اقتصادی و پیشرفت ژنتیکی صفات آستانه‌ای ایفا کند. هدف این تحقیق  بررسی درستی مستندسازی و تأثیر آن در سطح زیر منحنی مشخصۀ عملکرد (AUROC) ارزیابی ژنگانی روش‌های بیز آستانه‌ای  A(TBA) و جنگل تصادفی (RF) در ویژگی‌های آستانه‌ای با معماری‌های مختلف ژنگانی است. داده‌های ژنگانی برای سطوح متفاوت وراثت‌پذیری (1/0 و 3/0)، سطوح مختلف LD (135/0 و 295/0) و شمار متفاوت جایگاه­های ویژگی‌های کمی (108 و 1080) روی کروموزم 27 کروموزم همانند‌سازی شدند. برای همانندسازی شرایط واقعی برای هر پیش‌فرض (سناریو)، از بین 54 هزار نشانگر همانندسازی‌شده به‌طور تصادفی اقدام به حذف 50 درصد و 90 درصد نشانگرها کرده و در مرحلۀ بعد با مستندسازی اقدام به پیش‌بینی نژادگان (ژنوتیپ) نشانگرها کرده و درستی مستندسازی ارزیابی شد. در گام آخر، نژادگان‌های اصلی و مستند‌شده با استفاده از روش‌ TBA و RF برای ارزیابی AUROC استفاده شدند. با افزایش سطح LD و کاهش میزان حذف نشانگرها، درستی مستندسازی بهبود ­یافت. میانگین AUROC پیش‌فرض‌های همانندسازی‌شده برای جنگل تصادفی و TBA به­ترتیب 64/0 و 66/0 بود. استفاده از نژادگان‌های مستند‌شده با میزان حذف 50 درصد و 90 درصد، به­ترتیب AUROC را به میزان 013/0 و 02/0 برای RF و 018/0 و 026/0 برای TBA کاهش داد. به‌رغم AUROC بالای روش‌ بیز آستانه‌ای A در پیش‌فرض‌های مختلف، روش جنگل تصادفی عملکرد بهتری در شمار بالای QTL نشان داد. به‌طورکلی استفاده از نژادگان‌های مستند‌شده (k5) می‌تواند راهکار مهمی برای کاهش هزینه‌های ارزیابی ژنگانی باشد.