فهرست نشریات علمی دسترسی آزاد ایران

اطلاع از ساختار ژنتیکی جمعیت دام‌ها در راستای اجرای بهتر برنامه­های اصلاح نژادی و حفظ ذخایر ژنتیکی آن‌ها بسیار ارزشمند است. داده‌های ژنگانی (ژنومی) فرصتی برای حل پیچیدگی تاریخچة تکاملی جمعیت­ها و بازسازی رویدادهای تاریخی نادر، را فراهم می­آورند. در این پژوهش برای ارزیابی ساختار جمعیتی گاومیش‌های ایران روش‌های تجزیه‌وتحلیل مؤلفه‌های اصلی (PCA) و تجزیه‌وتحلیل جداسازی مؤلفه‌های اصلی (DAPC) اجرا شد. از شمار 404 گاومیش از سه نژاد شمالی، آذری و خوزستانی خون‌گیری شد و تعیین ژنوتیپ با تراشه‌های اسنیپ 90k توسط شرکت پادانو در کشور ایتالیا انجام شد. نتایج به‌دست‌آمده از تجزیة مؤلفه­های اصلی و تجزیة جداسازی مؤلفه­های اصلی، جداسازی سه نژاد را به‌خوبی نشان داد و هر دو تصویر آشکاری از ساختار ژنتیکی جمعیت‌های مورد بررسی را نشان دادند. در روش DAPC، برای ارزیابی شمار بهینة خوشه با معیار ارزیابی BIC، K=3 بهترین نتیجه را نشان داد. نتایج اعتبارسنجی متقابل برای نگه‌داشتن شمار مؤلفة اصلی بهینه برای تجزیه‌وتحلیل تشخیصی، 50 مؤلفة اول MSE کمتری نسبت به مؤلفه­های دیگر داشت. در این بررسی روش DAPC احتمال‌ عضویت افراد جمعیت‌ها را با درستی 100 درصد پیش‌بینی کرد ولی روش­ PCA قادر به ارزیابی گروه‌ها نبوده و برای به دست آوردن تصویر روشن از واریانس بین جمعیت‌ها DAPC مناسب‌تر از PCA عمل می­کند. روش DAPC در بررسی ساختار جمعیتی  نسبت به روش PCA به دلیل افزایش واریانس بین گروه­ها و کاهش واریانس درون گروه­ها و همچنین ارائة تصویر آشکاری از ساختار جمعیتی کارآمد بود و می­تواند در کنترل کیفیت و تصحیح لایه‌بندی جمعیتی در بررسی‌های ارتباطی جایگزینی برای PCA باشد.