گروه‌بندی ژنتیکی گاومیش های بومی آذری و شمالی با روش شبکۀ عصبی SVM

نویسندگان

1 استادیار گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج

2 استاد گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج

3 استاد، گروه علوم دامی، دانشکدۀ کشاورزی، دانشگاه تبریز

4 دانشجوی دکتری، گروه علوم دامی، دانشکدۀ کشاورزی، دانشگاه تبریز

5 دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکدۀ کشاورزی، دانشگاه تبریز

doi
10.22059/ijas.2016.59033
چکیده

هدف این تحقیق گروه‌بندی گاومیش‌های استان­های آذربایجان شرقی، غربی و اردبیل از بوم‌جور (اکوتیپ) آذری و استان گیلان از بوم‌جور شمالی و درنهایت قابلیت جداسازی افراد مناطق مختلف با روش یادگیری ماشین بود. به شمار 258 گاومیش از مناطق مختلف دو بوم‌جور شمالی و آذری نمونه‌گیری شد و با استفاده از SNPChip 90K مربوط به شرکت افی متریکس در کشور ایتالیا تعیین ژنوتیپ شد. برای پیش‌بینی عملکرد روش ماشین بردار پشتیبان برای گروه‌بندی افراد، دو روش متریک اعتبارسنجی متقابل و سطح زیر منحنی مشخصۀ عملکرد سامانۀ (AUC) اعمال شد. نتایج آزمون اعتبارسنجی متقابل و سطح زیر منحنی برای گروه‌بندی افراد چهار منطقه به ترتیب 92 و 96 درصد بود که گویای این است که باوجود نزدیک بودن افراد گله‌های مختلف و سخت بودن جداسازی این افراد، روش ماشین بردار پشتیبان با درستی بالایی، توانایی اختصاص دادن افراد به گله­های مربوط به خود را دارد. نتایج آزمون­های اعتبارسنجی متقابل و سطح زیر منحنی مشخصه عملکرد سامانه برای دو بوم‌جور به ترتیب برابر 96 و 98 درصد بود که نشان‌دهندۀ قابلیت جداسازی بهتر دو بوم‌جور است. روش یادگیری ماشین با توجه به این موارد و با پیش‌بینی‌هایی که برای گروه‌بندی هر فرد انجام می­دهد می­تواند در کنترل کیفیت و کاربردهای ژنتیکی کارآمد باشد.