بررسی تنوع ژنتیکی جدایه‌های ویروس لکه حلقوی پاپایا در جنوب ایران

نویسندگان

1 دانشجوی دکتری، گروه گیاه‌پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران

2 استاد، گروه گیا‌ه‌پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران

doi
10.22084/ab.2024.28632.1490
چکیده

طی بررسی بوته‌های پاپایا از گلخانه‌های اطراف شهرهای یزد، مهریز، کرمان، بوشهر و چابهار در سال 1402، نمونه‌های برگ و میوه با علائم زردی، بندکفشی شدن، ریزبرگی و فنجانی‌شدن در برگ، تیرگی دمبرگ و خال‌سیاهی در میوه جمع‌آوری و به آزمایشگاه منتقل شد. به‌منظور ردیابی ویروس لکه‌حلقوی پاپایا و بررسی تنوع ژنتیکی در نمونه‌های جمع‌آوری‌ شده و دارای علائم، آر.ان.ای کل از بافت برگ‌های دارای علائم و بدون علائم (کنترل منفی) با روش روحانی و همکاران اسـتخراج و با یک جفت آغازگر عمومی پوتی‌ویروس‌ها (Nib1 و Nib3R) در واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز معکوس موردبررسی قرار گرفت. واکنش RT-PCR برای ردیابی ویروس‌های عامل بیماری در نمونه‌های گیاهان پاپایا دارای علائم مورد بررسی، واکنش مثبت نشان دادند و منجر‌ به تکثیر قطعه‌ی 350 جفت‌بازی متعلق به بخشی از چارچوب پروتئین رمزکننده‌ی اینکلوژن‌ بادی هسته‌ای (NIb) ویروس شدند. درحالی‌که، در نمونه‌های سالم هیچ قطعه‌ای تکثیر نشد. محصولات PCR به‌صورت دوطرفه تعیین ترادف شدند. جستجو با برنامه بلاست (Blast) و رسم درخت فیلوژنتیکی نشان داد که جدایه‌های ایرانی PRSV دارای تنوع بالایی بوده و در حالت کلی بیش‌تر جدایه‌های موردبررسی نزدیکی زیادی با جدایه‌های هندی و چینی PRSV داشتند.