بررسی نقش lncRNAهای مرتبط با سلول‌های T در عود گلیوبلاستوما با استفاده از تحلیل توالی‌یابی RNA تک سلولی

نویسندگان

1 مرکز تحقیقات فیزیولوژی، پژوهشکده نوروفارماکولوژی، دانشگاه علوم پزشکی کرمان، کرمان، ایران

2 مرکز تحقیقات گیاهان دارویی، پژوهشکده علوم پایه سلامت، دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد، شهرکرد، ایران

3 مرکز تحقیقات سرطان، دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد، شهرکرد، ایران

4 مرکز تحقیقات گیاهان دارویی، پژوهشکده علوم پایه سلامت، دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد، شهرکرد، ایران

doi
10.48305/jims.v43.i836.1373
چکیده

مقاله پژوهشیمقدمه: گلیوبلاستوما (Glioblastoma) GBM، یکی از تومورهای بدخیم اولیه سیستم عصبی مرکزی است. محدودیت‌های جراحی و مقاومت به درمان، از چالش‌های مهم درمان آن محسوب می‌شوند. گلیوبلاستوما، به دلیل ناهمگنی ژنتیکی، حضور سلول‌های بنیادی سرطانی (Cancer stem cells) CSC و ریزمحیط توموری منحصر به فرد (Tumor microenvironment) TME نرخ عود بالایی دارد. تغییرات ژنومی و بیان ژنی که در تومور عودیافته رخ می‌دهد، با تومور اولیه متفاوت است. هدف این مطالعه، شناسایی lncRNAهای مرتبط با سلول‌های دخیل در عود و بررسی نقش آن‌ها در تنظیم پاسخ ایمنی و مکانیسم‌های مربوطه با استفاده از تحلیل بیوانفورماتیکی داده‌های RNA تک ‌سلولی بود.روش‌ها: در این مطالعه با آنالیز اطلاعات توالی‌یابی RNA تک سلولی (cell RNA sequencing seq) single scRNA، تفاوت‌های بیان lncRNAها در گونه‌های مختلف سلولی (Cell Type) گلیوبلاستومای اولیه و عودیافته بررسی شد. تحلیل داده‌ها با استفاده از پکیج SingleR انجام گردید. سلول‌های متفاوت، بر اساس الگوی بیان ژنی به چهار نوع مختلف دسته‌بندی شدند که سلول‌های T به دلیل نقش کلیدی‌شان در ریز‌محیط توموری و ایمنی جهت مطالعه انتخاب شدند.یافته‌ها: نتایج نشان داد که یازده lncRNA از جمله LINC01088، PVT1 و KCNQ1OT1 در سلول‌های T بین گلیوبلاستومای اولیه و عود یافته تفاوت بیان معنادار دارند.نتیجه‌گیری: این مطالعه بینش‌های جدیدی در زمینه‌ی تفاوت‌های بیان ژنی بین گلیوبلاستومای اولیه و عودیافته و نقش lncRNAها به عنوان اهداف درمانی بالقوه ارائه می‌دهد. همچنین احتمالاً این lncRNAها می‌توانند از طریق تنظیم بیان ژن‌های و مسیرهای مرتبط با سرطان، در شکل‌گیری و عود مجدد گلیوبلاستوما نقش داشته باشند. نتیجه‌گیری دقیق و نهایی نیازمند مطالعات تکمیلی است.