شناسایی یک اپی‌توپ ایمونوژنیک مشترک از پروتئین IA-2 با بهره‌گیری از سه سرور پیش‌بینی جهت طراحی واکسن‌های تحمل‌زا در دیابت نوع ۱

نویسندگان

1 گروه زیست فناوری پزشکی، دانشکده‌ی پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی لرستان، خرم آباد، ایران

2 دانشیار ژنتیک مولکولی، گروه زیست فناوری پزشکی و ژنتیک، دانشکده‌ی پزشکی،مرکز تحقیقات داروهای گیاهی رازی، دانشگاه علوم پزشکی لرستان، خرم آباد، ایران

3 کمیته‌ی تحقیقات دانشجویی، دانشگاه علوم پزشکی لرستان، خرم آباد، ایران

4 گروه زیست فناوری پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی زنجان، زنجان، ایران

5 گروه زیست فناوری پزشکی، دانشکده‌ی پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی لرستان، خرم آباد، ایران

6 استادیار زیست فناوری پزشکی، گروه زیست فناوری پزشکی و ژنتیک، دانشکده‌ی پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی لرستان، خرم آباد، ایران

doi
10.48305/jims.v43.i827.0980
چکیده

مقدمه: دیابت شیرین نوع 1(T1D) ، یک بیماری خودایمنی است که سلول‌های بتای پانکراس را تخریب می‌کند و منجر به تولید کمتر انسولین می‌شود. واکسن‌های تولروژنیک به عنوان یک رویکرد جدید برای متوقف کردن واکنش‌های خودایمنی در T1D با القای پاسخ‌های تنظیمی ظهور کرده‌اند. ابزارهای بیوانفورماتیک پیشرفته مانند IEDB، TepiTool  و  SYFPEITHIدر شناسایی اپی‌توپ‌های مؤثر برای این منظور کمک می‌کنند. در این مطالعه، اپی‌توپ بالقوه  APGFGSERGAPLAFAبه عنوان کاندیدای واکسن امیدوارکننده برای پیشگیری یا درمان T1D شناسایی شد. روش‌ها: توالی کامل اسید آمینه پروتئین IA-2 از پایگاه داده UniProt به دست آمد IA-2، که با دیابت نوع 1 مرتبط است، پروتئینی در سلول‌های بتای پانکراس است که به عنوان یک اتوآنتی‌ژن عمل می‌کند. برای یافتن اپی‌توپ‌های کلاس II که می‌توانند پاسخ ایمنی را در دیابت نوع 1 تحریک کنند، از چندین ابزار برای پیش‌بینی میزان اتصال توالی‌های پپتیدی از IA-2 به آلل‌های رایج MHC کلاس II استفاده شد. آلل‌های کلیدی HLA، به ویژه DRB101:01، DRB301:01، DRB401:01 و DRB501:01 که با خطر بالای دیابت نوع 1 مرتبط هستند، مورد آنالیز قرار گرفتند. اپی‌توپ‌هایی که نمرات بالایی دریافت کردند، بیشتر مورد بررسی قرار گرفتند. یافته‌ها: اپی‌توپ APGFGSERGAPLAFA به عنوان تنها پپتید رایج با اختصاصیت مشترک در هر سه سرور شناسایی شد. علاوه بر این، در SYFPEITHI امتیاز بالایی کسب کرد و در بین پنج پپتید برتر در TEPITOOL قرار گرفت. نتیجه‌گیری: استفاده‌ی همزمان از چندین ابزار پیش‌بینی اپی‌توپ می‌تواند دقت در شناسایی اهداف ایمونولوژیکی را افزایش دهد. با این حال، تحقیقات بیشتری در این زمینه مورد نیاز است.