پیش‌بینی عملکرد پروتئین ناشناخته پاسخگو به تنش شوری در گندم دوروم

نویسندگان

1 دکتری، گروه اصلاح نباتات، دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات، تهران، ایران

2 دکتری، گروه اصلاح نباتات، دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات، تهران، ایران

3 استادیار، گروه مهندسی کامپیوتر، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد کرمانشاه، کرمانشاه، ایران

doi
10.22084/ab.2022.24968.1470
چکیده

شوری خاک یکی از مهم‌ترین عوامل کاهش عملکرد گندم دوروم در ایران است. پیشرفت فن‌آوری‌های با توان بالا در عین‌حال که روند تولید ارقام متحمل به تنش‌های محیطی را سرعت بخشیده است، با تولید داده‌های عظیم انفورماتیک ژنومی، تعیین عملکرد پروتئین‌های تازه کشف شده را به چالشی بزرگ تبدیل کرده است. از این‌رو هدف از این مطالعه، پیش‌بینی ساختار سوم و عملکرد پروتئین ناشناخته پاسخگو به تنش شوری در گندم دوروم بود. نتایج نرم‌افزار phyre نشان داد که ساختار سوم توالی پروتئین با E-value 1e-66 و دقت ارزیابی شده 87 درصد با پروتئین A0A452XZB6 دارای 385 باقی‌مانده، 25 هلیکس آلفا و 23 صفحه بتا از طبقه‌بندی ساختاری پروتئین  Uniprotهمولوژی دارد. سایت STRING پیش‌بینی عملکرد این پروتئین را با تبادلگر Na+/H+ بومی‌سازی شده درغشا پلاسما مطابقت داد. پیش‌بینی دمین‌های تراغشایی، شناسایی اصلاحات و موتیف‌های اختصاصی پروتئین نشان دادند که فعال‌سازی این آنتیپورتر، احتمالاً توسط فسفوریلاسیون باقی‌مانده‌های سرین ترئونین انجام می‌شود و نقش مهمی در تحمل گندم دوروم به شوری داراست. این تحقیق چارچوبی برای مطالعات آینده در زمینه نقش تبادلگر +Na+/H غشا پلاسما و سهم نسبی آن در حفظ هموستاز+Na سلولی در تحمل ارقام گندم دوروم در خاک‌های شور فراهم می‌کند.