مقایسه پروفایل تنوع CNV در ژنوم گوسفند با گاو هلشتاین

نویسندگان

1 عضو هیات علمی

doi
10.22059/jap.2017.60322
چکیده

هدف از این پژوهش مقایسه CNV در تعدادی از نژاد­های گوسفند ایتالیا با گاو هلشتاین بود. از 580 راس گاو نر هلشتاین و 360 راس گوسفند نمونه خون تهیه و  DNAآن استخراج شد. ژنوتیپ چند شکلی­های تک نوکلئوتیدی سراسر ژنوم با تراشه 50k گاوی و گوسفندی در هر دو گونه تعیین شد. با استفاده از نرم افزار PennCNV تعداد 904 تنوع با میانگین طول kb 7/154 و میانه kb 7/103 در گوسفند و 744 مورد با میانگین طول kb 7/213 و میانه kb 5/124 در گاو شناسایی شد. کل طول این تنوع در ژنوم گوسفند Mb 5/8 و در ژنوم گاو Mb 80 بود. پس از ترکیب نواحی مشابه تعداد 35 ناحیه تنوع پر تکرار در ژنوم گوسفند و 141 مورد در ژنوم گاو شناسایی شد، فقط 20 درصد نواحی CNV در ژنوم نژاد­های گوسفند با ژنوم گاو هلشتاین همپوشانی داشت. علاوه بر این، نواحی این تنوع در ژنوم گوسفند با 40 ژن مرجع و 62 QTLدر ژنوم گاو، و 110 ژن مرجع در ژنوم انسان بطور کامل یا جزئی همپوشانی داشت. توزیع تنوع­ها در هر دو گونه در نواحی ساب­تلومریک و پری سانترومریک بیشتر بود. بر اساس این نتایج، شاید بتوان از روی پیوستگی این تنوع با نواحی ژنی در ژنوم گاو ژن­ها و QTL­های ژنوم گوسفند را شناسایی نمود. برای کسب نتایج دقیق­تر مطالعات بیشتری نیاز است.