فهرست نشریات علمی دسترسی آزاد ایران

امروزه مهندسی آنتی‌بادی یک رویکرد مهم در طراحی و ساخت آنتی‌بادی‌های تشخیصی و درمانی است. مطالعه برهم‌کنش میان آنتی‌بادی‌ و آنتی‌ژن‌ گامی مهم در طراحی آنتی‌بادی‌هایی با ویژگی‌های مطلوب و موردنظر است. در این راستا، روش‌های مطالعاتی In silico یک ابزار سودمند جهت بررسی ویژگی‌های ساختاری و تعاملات بین مولکولی است. درواقع Docking (جایابی لیگاند) فرآیند پیش‌بینی تعاملات و ترکیبات جفت شوندگی و آنتالپی اتصال مجموعه‌های آنتی‌ژن-آنتی‌بادی است. در این مطالعه ساختارهای سه‌بعدی نوکلئوکپسید پروتئین ویروس موزائیک انجیر Fig mosaic emaravirus (FMV)  به‌عنوان آنتی‌ژن و هم‌چنین آنتی‌بادی به‌صورت قطعات متغیر تک زنجیره‌ای scFv علیه این آنتی‌ژن که از طریق تکنیک نمایش فاژی جداسازی شده بود، توسط نرم‌افزار تحت وب I-TASSER به‌دست آمد. پس از آن ساختارهای مجموعه‌های متصل شونده آنتی‌ژن-آنتی‌بادی و هم‌چنین شبیه‌سازی دینامیکی مولکول‌ها با انجام فرآیند داکینگ مولکولی توسط نرم‌افزار Hex صورت پذیرفت. با تجزیه‌وتحلیل مجموعه‌های متصل شونده آنتی‌ژن-آنتی‌بادی FMVNp-scFv، آمینواسیدهای دخیل در برهم‌کنش این مجموعه‌ها شناسایی گردید. نتایج نشان داد که تمام این اسیدهای آمینه‌ها متعلق به نواحی فوق متغیر (CDR) بودند. درمجموع نتایج حاصل از این مطالعه بیوانفورماتیکی می‌تواند در طراحی و توسعه آنتی‌بادی‌های جدید با گیرایی بالاتر در تشخیص ویروس موزائیک انجیر کمک نماید.